La semaine dernière (bon, en vrai, j’ai écrit ces deux articles le 5 décembre mais passons…), nous avons vu les pré-requis sur l’impact factor et points SIGAPS notamment… Voyons maintenant comment (tenter de) publier un article, avec quelques trucs et astuces glanés au fil des expériences.

Etape 1. Choisir la revue

C’est indispensable de commencer par ça. D’une part, parce qu’écrire en français ou en anglais, c’est un peu différent 😉 D’autre part, parce que CHAQUE revue aura ses petites habitudes en matière de présentation, de références bibliographiques, de sous-titres, de parties supplémentaires. Pour certaines, il faudra une partie en plus pour décrire la revue de littérature menée au préalable ; pour d’autres, il faudra une partie « ce qu’on savait, ce qu’on apprend avec cet article » ; pour une troisième, il faudra écrire un résumé en moins de 200 mots..

Pour cette étape, il y a plusieurs aides :

1. Encore une fois, savoir ce que vous voulez : un IF élevé, un SIGAPS haut ? Dans ce cas, il est intéressant de consulter le Journal des Citation Reports, pour avoir les « impact factor ». L’URL ne fonctionne pas seule (même en utilisant l’identification sur la partie basse de la page) : il faut venir de votre page de BU si elle y est abonnée (par exemple à Lille c’est ici, puis Web of Science puis en haut Journal Citation Reports). Vous pouvez extraire ce qui vous intéresse en fichier Excel comme ci-dessus.
2. les outils de quelques grands groupes éditoriaux :
   • Elsevier Journal Finder (quelques revues en français et anglais) ;
   • Springer Nature Journal Finder (vous pouvez trier par impact factor minimum, délai maximal de réponse, taux d’acceptation…) ;
   • Wiley Journal Finder.
3. PubMed et votre propre bibliographie… Si vous voulez publier un article sur le score diagnostique TRUCMUCHEBIDULE, et que ce score a 10 articles sur PubMed dont 7 dans la même revue… commencez par cette revue. Sinon, jetez un oeil à votre bibliographie et regardez quelle revue revient le plus : c’est sûrement celle qui pourra être la plus intéressée par votre article.
4. enfin, si après soumission, votre article est refusé, vous recevrez parfois des propositions d’autres revues : Alzheimer’s and Dementia renvoie vers A&D : Diagnosis Assessment and Disease Monitoring ; un membre de chez Springer pour vous envoyer un mail pour vous proposer une ou plusieurs autres revues du groupe ; un relecteur peut vous conseiller une autre revue, etc.

Etape 2. Lire les recommandations aux auteurs et télécharger un article

Après avoir sélectionné quelques revues dans lesquelles vous pourriez publier votre article, vous avez jeté votre dévolue sur une en particulier (pour des raisons qui vous regardent : IF plus élevé, délai de réponse plus court, bonne expérience avec cette revue préalablement, lectorat plus adapté, etc.)

Dans ce cas, il faut aller sur leur site (en cherchant simplement sur Google), aller sur la revue, chercher « recommandations aux auteurs » ou « instructions aux auteurs », et appliquer les consignes (Times 12 ou Arial 12, etc.)

Je vous conseille également de regarder un article proche de celui que vous allez publier ; c’est un bon moyen de vérifier que vous allez faire une mise en forme qui convient. Ca peut aussi vous montrer comment gérer les sous-parties (peut-on mettre des sous-titres ? faut-il mettre des numéros, genre 2.1.2, 2.1.3, etc. ?)

Etape 3. Utiliser le bon style avec Zotero

J’ai déjà insisté lourdement sur l’intérêt de Zotero dans ce billet, ou celui-ci ou celui-là. Une raison supplémentaire, c’est que vous pouvez assez facilement changer vos références pour correspondre au style de la revue, en utilisant les « styles » Zotero justement. Ils sont disponibles sur cette page : https://www.zotero.org/styles

Admettons que vous venez d’essayer de publier dans la Presse Médicale : toutes vos références sont entre des crochets séparés par des tirets. Votre article est refusé, vous voulez le soumettre à Exercer… Vous devez remettre toutes vos références en exposant et séparés par des virgules (et puis il y a d’autres petites subtilités à revoir dans vos références ; pour d’autres revues, il faudra peut-être mettre le titre de la revue en italique, retirer le numéro de volume, ajouter le doi, etc.)

S’il n’y a pas de style disponible, vous pouvez soit le créer vous-même (mode expert ^^), soit en utiliser un approchant (en général, je préfère celui de La Presse Médicale ou Thérapie, qui sont plus classiques que le « Vancouver » natif de Zotero).

Etape 4. (Ré)écrire votre article (quelques astuces)

Vous avez tous les éléments en main… il n’y a plus qu’à écrire, en respectant les bonnes consignes. Ca peut être très rapide si la thèse a été pensée pour la publication ; ça peut être un vrai chemin de croix sinon…

Etape 4.1. Avoir un modèle

Je ne l’ai fait qu’une fois (pour mon premier article), mais ça m’est récemment arrivé de le conseiller et je pense que c’est une bonne idée. Si vous ne savez pas comment écrire votre article, qu’il vous semble mal organisé ou brouillon, vous pouvez télécharger un article récent qui vous semble de qualité (*toussote* grâce à Sci-Hub *toussote*).

C’est utile, comme dit plus haut, pour la mise en page… mais aussi pour la forme globale du contenu. Vous pouvez ainsi essayer de comprendre chaque phrase et transposer votre article dessus. Attention, il ne s’agit pas de faire un plagiat bien sûr ! Il s’agit de réorganiser votre travail en utilisant un patron « concret » (on utilise déjà tous à peu près le même patron « théorique » de toute façon, vous ne plagiez pas la forme…)

Etape 4.2. Gérer une bibliographie désastreuse

Un des éléments qui peut le plus rebuter pour passer d’une thèse à une publication, c’est la bibliographie. Si c’est une galère, ça peut vraiment vous prendre longtemps… Donc si vous ou votre thésard avez complètement pété la bibliographie (n’a pas utilisé Zotero, ou a cassé les liens, ou a fait des choses innommables avec), il y a 3 possibilités :

• soit il a utilisé Zotero, mais les références sont immondes. Dans ce cas, vous pouvez aller sur la bibliographie dans le document texte, faire « Edit Bibliography » et les modifier une à une (surtout ne pas modifier directement, sinon vos corrections disparaitront au premier rafraîchissement),
• soit il n’a pas utilisé et vous pouvez tout refaire. Dans ce cas, je vous conseille de prendre chaque référence, les ajouter à votre bibliothèque Zotero une à une ; puis revenir sur le ficher texte et créer les références au fur et à mesure en remplacement des anciennes.
• soit c’est un peu le bazar et/ou vous avez la flemme de tout reprendre, alors que finalement la bibliographie n’est pas si mal. Dans ce cas, voici ci-dessous une astuce que j’ai chopée quand j’ai travaillé un peu avec Prescrire pour les références (ils n’utilisaient pas Zotero).

Admettons que vous ayez le texte suivant : « blablablabla (1,2). Pourtant, blibliblibli (3 – 6). C’est pourquoi bloubloubloublou (7).
Références :
1. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
(…)
7. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

L’astuce consiste à mettre des symboles avant et après ces chiffres, par exemple #1#. Ca donnerait donc :  « blablablabla (#1#,#2#). Pourtant, blibliblibli (#3#, #4#, #5#, #6#). C’est pourquoi bloubloubloublou (#7#). Références :
#1#. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
(…)
#7#. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

(Notez que j’ai transformé 3 – 6 en 3, 4, 5, 6 parce qu’il faut individualiser chaque article à ce stade). 

Ensuite, vous pouvez déplacer, supprimer, faire votre oeuvre. Par exemple…

« blibliblibli (#3#, #6#) et bloubloubloublou (#7#). Néanmoins, blablablabla (#1#,#2#). Références :
#1#. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
(…)
#7#. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

(Notez, que j’ai supprimé des références).

Enfin, il ne vous reste plus qu’à tout remettre au propre à la toute fin, en relisant votre article et en remplaçant chaque référence (dans tout l’article, avec un Ctrl+H) par son numéro d’apparition. Donc ici #3# devient 1, #6# devient 2, #7# devient 3, #1# devient 4 et #2# devient 5, soit :

« blibliblibli (1, 2) et bloubloubloublou (3). Néanmoins, blablablabla (4,5). Références :
1. Auteur 3. Titre 3. Revue Année;Volume:Pages.
(…)
5. Auteur 2. Titre 2. Revue Année;Volume:Pages. »

…

…

Je vous ai déjà dit que c’était mieux d’utiliser Zotero ?

Etape 5. Choisir l’ordre des auteurs

Ah, l’ordre des auteurs… Pour rappel, les points SIGAPS c’est « x 4 » pour premier et dernier ; « x 3 » pour deuxième et avant-dernier ; « x 2 » pour le 3ème auteur ; « x 1 » pour les autres places.

Ca peut batailler ou ruser pour avoir une bonne place. Quelques règles tout à fait personnelles – à vous de vous faire les vôtres :

• le premier auteur est celui qui a le plus bossé (en temps) sur le travail : le thésard ou son directeur en l’occurrence (parfois, le temps de réécriture est vraiment important…)
• ce n’est pas parce qu’il soumet que le directeur doit être premier auteur (j’ai soumis tous les articles de toute façon, c’est trop pénible pour être fait par un interne – sauf s’il a un projet d’universitaire…)
• le dernier auteur est soit le directeur si le thésard est en premier, soit un PU qui a rendu le travail possible (en donnant l’accès à une base par exemple) ou qui a proposé des corrections importantes dans son champ d’étude… c’est un peu difficile à définir,
• s’il n’est ni 1er ni dernier, le directeur doit être 2ème auteur,
• en général, je considère que les jurys de thèse, par leur relecture et avis ayant contribué à améliorer l’article peuvent être dans les co-auteurs ; j’ai toujours fait ça, mais on m’a dit assez récemment que c’était une contribution trop modeste, donc j’y réfléchis un peu plus maintenant,
• le 3ème auteur et l’avant-dernier, c’est quelqu’un qui a travaillé sur la thèse ; s’il n’y a pas, c’est un membre de jury ou un relecteur qui en a le plus besoin pour sa carrière universitaire, voire hospitalière (parce que les points SIGAPS c’est aussi des sous…)
• et pas d’auteur fantôme.

En pratique, je déroge souvent à ces règles… ^^ Et le message que je peux donner c’est attention à la place de n°2, celle que vous pouvez vous attribuer par politesse pour le thésard (en premier pour son travail passé, alors qu’il n’a pas touché à l’article après sa thèse) et les PU présents à la soutenance (place classique de dernier auteur…) Or, c’est une assez mauvaise stratégie puisque les critères CNU sont « premier ou dernier auteur » = utile ; « reste = peu utile ».
Personnellement, je ne sais pas dire à un interne qui a vraiment bien travaillé « je vais te prendre la première place parce qu’à moi ça pourrait être utile un jour, mais pas à toi »… mais c’est ce que je devrais faire pour respecter les critères CNU et les points SIGAPS (… ou comment un système peut inciter à « minorer » la contribution d’un étudiant sur un travail).

Etape 6. Soumettre et se soumettre

Voilà, votre article est prêt ! Bravo ! Il ne vous reste plus qu’à soumettre…

Deux possibilités s’offrent à vous :

• vous êtes sur une revue un peu familiale et sympathique et vous pouvez envoyer par mail… C’est (c’était ?) le cas par exemple de la partie gériatrie de la revue Gériatrie et Psychologie, Neuropsychiatrie du Viellissement (indexée sur PubMed), de la Revue de médecine périnatale et d’Exercer (indexés hors PubMed).
• vous êtes sur une revue avec un système de publication, comme le plus souvent (EES ou EVISE chez Elsevier, vraiment le plus classique, celui que vous êtes presque content de retrouver…)

Sauf si vous êtes rodé, vous pouvez compter 2 bonnes heures pour soumettre un article, parce qu’il va toujours vous manquer des trucs. C’est peut-être une étape pensée pour décourager les chercheurs… Parmi ce qui va vous manquer / va falloir refaire :

• vous ne devez pas laisser les figures et tableaux dans le texte (en général), mais juste leur titre en français et anglais
• il faut mettre les tableaux à part OU à la fin du texte (ça dépend) et les figures à part, au format PDF
  • petite astuce : créez un fichier texte « tableaux et figures » puis vous supprimez tout sauf le tableau 1, vous faites « enregistrer sous… Tableau 1.doc », vous faites annuler, vous supprimez tout sauf le tableau 2, vous faites « enregistrer sous… Tableau 2.doc », etc.
• le résumé en anglais si vous publiez en français (bon, surtout les premières fois, après vous allez y penser). Si vous êtes mauvais en anglais, utilisez DeepL pour la traduction, c’est plutôt efficace (vérifiez un peu quand même bien sûr…)
• les mots-clés selon le MeSH en français et anglais (HeTop va vous sauver)
• les affiliations de vos co-auteurs
• 1 à 5 noms de reviewers, avec leur adresse mail et pourquoi les avoir choisi
• la « cover letter » où vous dites en quelques lignes (10 à 15 lignes je dirais ?) pourquoi votre article mérite d’être publié dans cette revue.

Une fois terminé, vous devez vérifier le PDF, soumettre…

… et attendre… 1, 2, 3, 6, 9 mois parfois, c’est très variable !

En général, les « grosses » revues ont tendance à répondre rapidement (les revues du BMJ c’est plutôt un mois ; une revue française sans IF peut mettre 6 mois ; j’ai un article qui est depuis 2 ans chez Pédagogie médicale qui s’est arrêtée en fait…)

A noter également que certaines revues (par exemple chez PLoS) vous incitent à publier au préalable sur bioRxiv, une archive de preprints. A vous de voir si vous souhaitez que votre article soit public avant relecture par des pairs… A mon sens, pour des petits articles, ça pose plusieurs problèmes : le fait d’être spolié (même si j’y crois peu), mais surtout le fait que votre article puisse se retrouver diffusé avant relecture et amélioration par le peer-reviewing (comme ça a été le cas, sûrement sous l’impulsion des co-auteurs, pour cet article le mois dernier… dont j’avais rapidement parlé en réponse à Alexe ici)… Et puis ça contribue un peu à l’idée d’immédiateté : recherche finie, recherche diffusée, avant la relecture par les pairs, c’est un peu étrange ; c’est comme si un auteur filait son brouillon avant relecture et mise en forme par son éditeur. Sauf si vous avez une recherche révolutionnaire, ça doit pouvoir attendre 3-4 mois que le processus soit terminé (mais j’imagine que ça a un intérêt pratique important pour certaines recherches, notamment en génétique).

Etape 7. Corriger

Une fois le délai écoulé, vous recevez une réponse :

• Votre article est accepté : c’est peu probable… sauf s’il n’y a pas de comité de lecture.
• Révisions mineures : ça arrive parfois, et c’est très agréable. A quelques mots près, quelques paragraphes à déplacer, votre article va être publié. Il faut bien sûr effectuer les corrections demandées (ou à défaut si c’est infaisable, l’ajouter dans les limites de votre travail en discussion) et répondre au reviewer en le remerciant de son avis, son intérêt, et en détaillant chaque correction effectuée, point par point ;
• Révisions majeures : en général, c’est plutôt bon signe. Les modifications vont être plus longues, mais l’article sera accepté (ou en révisions mineures) au prochain tour.
• Votre article est refusé : ça arrive souvent ; allez voir ailleurs sans vous décourager, en reprenant à l’étape 3 ou 5. Souvent il y a quand même des commentaires sur les raisons du revue si c’est allé jusqu’au comité de lecture, ça peut vous aider à améliorer l’article.

Etape 8. Valider (toujours), payer (parfois), diffuser (partout)

Supposons que votre article ait été accepté. Si c’est le cas, vous allez recevoir des mails. Si vous avez publié chez Elsevier, vous ferez connaissance avec Kir Kaur (la personne dont vous adorerez recevoir des mails). Il faut penser à lire ces mails, pour valider (encore une fois) le fait que votre travail est bien original, n’a pas été effectué pour un gouvernement, respecte les bases éthiques en vigueur, ce genre de choses.

Vous devez aussi remplir un document pour dire si oui ou non vous voulez des tirés à part (la réponse est non, car vous aurez le PDF et qu’il ne faut pas exagérer non plus). Vous pourrez éventuellement choisir pour diffuser votre article en Open Access (c’est donc le chercheur qui paie pour que la revue diffuse librement son article au plus grand nombre, au lieu que le lecteur paie pour avoir accès). Enfin, il est possible que vous receviez une facture, comme prévu avant dans les recommandations aux auteurs, si vous avez dépassé le nombre de pages notamment.

Enfin, une fois votre article accepté, il sera en pré-publication, vous recevrez sûrement un PDF (pas toujours), il sera accessible sur internet… Ca sera l’occasion de le diffuser sur vos réseaux sociaux ou professionnels. Je vous incite justement à vous inscrire sur ResearchGate, qui est une sorte de « Facebook » des chercheurs (sans groupe gilet jaune ^^’) où vous pouvez ajouter vos PDF de façon privée ou publique, et les partager avec ceux qui le souhaite. C’est un bon moyen de diffuser vos travaux, montrer ce que vous faites et voir ce que font les autres (ça et les congrès bien sûr… ;-))

Par ailleurs, en général, vous recevez une invitation à partager librement votre article pendant quelques jours (par exemple chez Elsevier, c’est ce courriel).

Partagez pendant 50 jours !

Etape 9. Remercier votre éditeur…

Après tout ça, l’éditeur vous enverra un questionnaire de satisfaction, ainsi qu’aux relecteurs bénévoles. Vous pouvez le remplir si vous le souhaitez, mais ne vous en sentez pas obligés non plus. Pour rappel, Elsevier (par exemple) :

• reçoit gratuitement des articles par des chercheurs A, B, C respectivement
• en publie les meilleurs (après sélection gratuite par les chercheurs B, C, A respectivement)
• les fait payer aux chercheurs C, A, B respectivement, avec des coûts exorbitants
• puis demande aux chercheurs A, B, C ce qu’ils pensent du processus et comment améliorer le travail de B, C et A…

Evidemment il y a plus que 3 chercheurs, mais globalement, on tourne quand même pas mal en rond, et sur la tête… Il y a d’ailleurs une manifestation sur le coût de la connaissance.

Etape 10. … et recommencer

Voilà, vous avez diffusé de la connaissance et un travail de recherche. Avec un peu de chance, il sera cité une ou deux fois (ou beaucoup plus si vous avez publié un travail d’importance majeure, ce qui est rarement le cas… en ce qui me concerne en tout cas ! :D) Vous pouvez penser au travail suivant qui méritera d’être diffusé. A la fin, vous y prendrez peut-être même un peu goût… 😉