Daily Archives: 22 décembre 2024

Nous voici au bout de ce calendrier de l’avent… La thèse est presque finie ! Il reste quelques « détails »… d’importance !

Références bibliographiques

Votre thèse est finie… il faut maintenant jeter un oeil à ce chapitre, que vous avez créé et laisser se mettre à jour automatiquement au fur et à mesure des citations.

Vérifiez ce qui est attendu d’une thèse (en général, format Vancouver) et ce que vous avez. Il arrive que Zotero n’intègre pas bien certaines informations. En général, vos références doivent être au format « Auteurs. Titre. Journal/source. Année;Numéro(Volume):page-page. Disponible sur : »
Si vous avez un doute, essayez de retrouver vous-même la source avec les informations que vous donnez…

Si vous voyez des erreurs (vous en verrez forcément !), il ne faut pas les modifier ici ! Il faut retourner dans Zotero, améliorer la référence bibliographique en ajoutant/corrigeant les informations, et ensuite actualiser (refresh) sur votre fichier de thèse.

Ce ne sera pas les 30 (à 120…) minutes les plus passionnantes de votre vie, mais c’est ce qui permettra aussi de montrer votre sens du détail. C’est très important pour la qualité de votre thèse !

Liens d’intérêts, avertissements…

Selon les facultés, il y a parfois un avertissement à noter en début de thèse. A Lille, la page qui suit celle de titre (1ère de couverture) est :

« AVERTISSEMENT – La Faculté n’entend donner aucune approbation aux opinions émises dans les thèses : celles-ci sont propres à leurs auteurs. »

Il est également de bon ton d’intégrer une page « LIENS D’INTÉRÊTS », soit juste après celle-ci, soit après la conclusion (là aussi, selon les facultés). Un lien d’intérêt est toute relation (financière ou non) que vous avez avec une entité (industrie, association, institution…) qui pourrait influencer vos jugements, actions, décisions… C’est très vaste : financement, subvention, honoraires, collaborations scientifiques, etc. Il faut être transparent sur ces liens d’intérêt (vous pouvez bien sûr déclarer ne pas en avoir !).
Un conflit d’intérêt, c’est un lien d’intérêt problématique : les intérêts (personnels, professionnels, financiers) ne permettent pas une objectivité sur le travail.

Annexes

J’ai parlé des annexes dans les premiers billets… C’est assez libre, vous pouvez les utiliser pour :

• détailler un point d’introduction : historique (de la maladie, du traitement), répartition géographique avec des cartes, discussion physiopathologique, évolutionniste (comment expliquer que la sélection naturelle n’a pas éliminé ce trait pathologique, existe-t-il un avantage sélectif, etc.) ;
• illsutrer des éléments de matériels et méthodes : présenter le questionnaire utilisé ; présenter les documents réglementaires obtenus (conformité CNIL, avis CPP…), etc.
• ajouter des données par rapport aux résultats : la présentation de graphiques peu utiles, des analyses en sous-groupes, etc.

Il n’y a pas de nombre d’annexes maximum : séparez chaque sujet en annexe (par exemple, « Annexe 1 – Historique de… », « Annexe 2 – Epidémiologie de… », etc.)

Si vous intégrez des tableaux et figures dans les annexes, je vous conseille de les nommer « Tableau A3.1 » pour le premier de l’annexe 3 par exemple.

Les références bibliographiques utilisées en Annexe s’intégreront dans la section Références bibliographqiues.

Ecrire le résumé

Il est recommandé d’écrire le résumé à la toute fin de votre thèse. En réalité, vous pouvez bien sûr le rédiger à n’importe quel moment, quand ça vous chante, mais il est certain qu’il faudra y revenir pour un dernier passage à la toute fin de votre thèse !

Le résumé va mettre l’accent sur les principales sections de votre thèse-article et la résumer en 250-300 mots environ. Il doit pouvoir se lire seul : il ne faut donc pas y utiliser des abréviations non précisées dedans (et de manière générale, il faut limiter les abréviations, vu le caractère court !)

Le résumé est très important : ce sera souvent la seule chose qui sera lue de votre thèse, voire de votre article si vous la publiez. Les mots utilisés dedans permettront de trouver votre travail…

A écrire à la fin… et pas avant (pour une conférence ou un poster…) → jeter le vieil abstract, réécrire le papier puis l’abstract !

Le résumé de thèse est structuré avec les sections Introduction – Matériels et méthodes – Résultats – Conclusion. Ca n’est pas forcément le cas dans des revues (parfois texte libre) ou lors d’un résumé pour soumission à un congrès (qui peuvent ne pas souhaiter ce découpage, ne pas avoir de section matériels, ou remplacer Conclusion par Discussion…). Lisez bien ce qui est demandé à l’auteur, par votre faculté pour la thèse.

La section introduction peut se diviser en 3 phrases :

• une phrase introduisant au champ de votre travail, compréhensible par n’importe qui — ou, au pire, par n’importe quel scientifique gravitant autour de la médecine. On ne vous demande pas un début in medias res, montrant que vous êtes expert du sujet, mais au contraire d’être pédagogue. Ce qui se conçoit bien s’énonce clairement…
• une phrase plus précise sur votre sujet qui explique qu’un pan n’est pas connu (ces deux phrases fournissent un contexte à votre travail… on peut parfois les résumer en une seule) ;
• l’objectif principal (voire secondaire) de votre travail, éventuellement au format PICO, peut être de façon assez indifférente (selon ce qui vous plait) :
  • une question (« est-ce que le recours aux Schtroumpfs est associé à une Schtroumpfose chez les Schtroumpfs ? »),
  • une phrase centrée sur l’objectif (« notre objectif était de déterminer si le recours aux Schtroumpfs est associé à une Schtroumpfose chez les Schtroumpfs »),
  • une phrase centrée sur l’hypothèse (« nous formulons l’hypothèse que la Schtroumpfose est associée à la consommation de Schtroumpfs » / « notre hypothèse était que… »),
  • une phrase centrée sur ce qui n’est pas connu (« l’association entre recours aux Schtroumpfs et la Schtroumpfose chez les Schtroumpfs reste méconnu »).

N’hésitez pas à mettre des données chiffrées précises dans votre introduction, plutôt que des approximations (sans référence bibliographique ici — mais elles sont dans votre introduction !). Par exemple ici : « Parmi les Schtroumpfs, 38 % sont atteints de Schtroumpfose. Une voie physiopathologique de la Schtroumpfose implique les récepteurs bêta-schtroumpf, dont les agonistes sont les Schtroumpfs. Notre objectif était de déterminer si le recours aux Schtroumpfs est associé à une Schtroumpfose chez les Schtroumpfs ».

La section méthodes peut aussi se diviser en 3 phrases :

• le design de l’étude, avec ou sans présentation (« Nous avons réalisé une étude épidémiologique analytique rétrospective multicentrique… » ou « Etude épidémiologique analytique rétrospective multicentrique ») ;
• la population (échantillonnage) et le mode de recrutement : « ont été inclus tous les Schtroumpfs de 18-65 ans dans la base Schtroumpf. »
• le critère de jugement principal et/ou les variables principales : « le recours aux Schtroumpfs a été recueilli dans l’historique des remboursements ».
• de façon facultative, vous pouvez ajouter quelques éléments statistiques (gestion des données manquantes, tests utilisés, seuil de 5 %, etc.). C’est vraiment si vous avez de la place : essayez plutôt d’en garder pour les résultats !

La section résultats peut là aussi se diviser en 3 phrases (ou plus) :

• décrire brièvement la population : « nous avons inclus 45 000 Schtroumpfs, dont 60 % de Schtroumpfettes ; sur la période de 2006 à 2016, 15 000 avaient consommé des Schtroumpfs… »
• donner le résultat principal en l’explicitant : « la consommation de Schtroumpfs était associée à la Schtroumpfose (p < 0,001) : parmi les 15 000 consommateurs de Schtroumpfs, 10 000 (67 %) ont développé une Schtroumpfose ; parmi les 30 000 non-consommateurs, 3 000 (10 %) ont développé une Schtroumpfose. »
• si vous avez de la place : donnez les résultats secondaires ET dans ce cas, évoquez-les dans l’objectif (introduction) et la méthode. Si vous n’avez pas la place, ne gardez que l’objectif principal en introduction / méthodes / résultats : ne citez pas un objectif non traité en résultats, ne traitez pas en résultats la réponse à un objectif non formulé.

Vous pouvez (devez) donner 2-3 nombres clés… il ne s’agit bien sûr pas de redonner tous vos résultats, mais pas non plus de faire des approximations qui laissent le lecteur dans le flou !

Enfin, la conclusion peut se diviser en… 1 ou 2 phrases (et non pas 3 !) :

• vous pouvez faire un résumé si ça vous semble pertinent : on peut décider de ne pas mettre dans « résultats » la phrase « la consommation de Schtroumpfs était associée à la Schtroumpfose (p < 0,001) » et la conserver pour la conclusion. C’est le take-home message, LE message que vous voudriez que tout lecteur retienne à la fin de la lecture.
• et surtout il s’agit de faire une ouverture compréhensible par tous (implications, spéculations, recommandations) : informer sur la Schtroumpfose, suivre les consommateurs de Schtroumpfs, etc.

Remerciements

Là encore, les remerciements sont traditionnellement écrits à la fin… mais vous faites comme vous voulez !

Il y a 2 parties à ces remerciements : ceux pour le jury, ceux pour les autres.

Pour le jury, cela peut prendre la forme suivante :

A mon (ma) Président(e) de Jury / A mes juges (ou à mes assesseurs, au choix) / A mon directeur (ma directrice) de thèse

Monsieur (Madame) le (la) Professeur(e) / Docteur(e) xxxx
Professeur des Universités / Maître de Conférences des Universités / Professeur Associé / Maître de conférence associé
Intitulé de la CNU où il (elle) est nommé(e) (Médecine générale, Cardiologie, etc.)

Praticien hospitalier / médecin généraliste
Service ou lieu d’exercice

Autres fonctions notables
Membre d’un conseil ordinal, présidence de CNU, fonctions universitaires, chevalier d’un ordre, etc.
(Il ne s’agit pas de faire le CV non plus… si vous doutez, n’hésitez pas à contacter le jury pour lui faire une proposition et lui demander de corriger).

Phrases de remerciements :

• Vous présidez ce jury de thèse et jugez ce travail, veuillez trouver ici l’expression de mes meilleurs remerciements.
• Vous m’avez accueilli dans votre service avec votre grande sympathie, je tiens à vous exprimer ma profonde gratitude pour le temps et l’attention que vous avez consacrés à cette thèse.
• Vous me faites l’honneur de faire partie de mon jury de thèse. Je vous remercie pour votre présence et vos remarques.
• C’est un privilège de vous compter parmi les membres de ce jury. Je vous remercie chaleureusement pour votre disponibilité, vos conseils précieux et votre regard critique.
• etc.

Ensuite, il y a les remerciements pour vos parents, votre famille, vos proches, vos amis, votre animal de compagnie, vos confrères, co-internes, co-externes, patients qui vous ont aidé à un moment ou un autre, la personne qui vous a aidé à avoir accès à une base, à comprendre Excel, l’auteur d’un livre qui vous a été utile (…), Alexandra Elkabyan pour Sci-Hub, etc.
C’est très libre (il faut bien sûr rester poli, ne pas faire l’apologie de crimes, tenir de propos racistes ou autres…). Vous pouvez citer de bons souvenirs de votre jeunesse ou de vos études ; vous pouvez au contraire rester très sobre. Essayez de synthétiser en une ou deux pages quand même, et rappelez vous que le jury lira ces pages 😉

Pour la première fois depuis le 20, j’ai un jour de retard… mais je vais essayer de le rattraper dans le week-end ! Et j’ai eu une bonne nouvelle pour cette suite de billets, j’en parlerai peut-être dans le dernier 🙂

Nous allons parler ici « l’art de la discussion »…

L’introduction peut être vu comme un entonnoir ou un cône : on débute par une généralité, puis on affine le sujet, on évoque ce qui n’est pas connu sur le thème, on pose une question de recherche précise. La discussion inverse ce cône : on répond à la question (résultats principaux), on appuie la conclusion (nos données, les données des autres), on défend la conclusion (anticipation des critiques avec les limites) et on conclue avec les messages généraux (« ce que veulent dire mes résultats et pourquoi tout le monde devrait s’en préoccuper »).

La discussion est une section très intéressante à écrire, celle où vous avez le plus de liberté, où vous pouvez vraiment « bien écrire ». Malgré cette liberté, la discussion est très bien codifiée comme évoqué ci-dessus, avec 4 grandes parties :

• Résultats principaux
• Comparaison à la littérature
• Forces et limites
• Perspectives

Nous allons détailler les 4 parties. La conclusion est parfois incluse dedans dans certains articles ; pour la thèse, la conclusion est un chapitre séparé… nous en parlerons donc séparément !

Résultats principaux

La dernière phrase de l’introduction est une question de recherche au format PICO (par exemple « dans la population des internes de médecine générale de Lille, est-ce qu’un atelier d’expression théâtrale était associé à une amélioration de la communication ? »).

La première phrase de la discussion répond à cette question : dans notre étude, le score de communication SEGUE était significativement plus élevé dans le groupe de 52 internes ayant suivi un atelier de 2 jours d’expression théâtrale par rapport au groupe de 48 internes qui n’y a pas participé (20 vs 10 points, p < 0,05). Il ne doit pas y avoir de données inédites dans cette section : vous répétez le(s) résultat(s) principal(aux) de votre étude… et vous les discutez ensuite !

Vous pouvez donc expliquer ce que ça signifie, évoquer ce qui est nouveau / appris grâce à votre travail. Vous pouvez proposer des explications physiopathologiques éventuellement, des mécanismes pour insérer votre travail dans quelque chose de plus général (vous inversez l’entonnoir de l’introduction !)

Vous pouvez ensuite développer quelques autres résultats (objectifs secondaires notamment) et quelques données qui seront utiles dans la suite de votre discussion — pour la comparaison à la littérature notamment. La discussion peut vous permettre de proposer des hypothèses ; dans tous les cas, il faut se garder de conclure de façon péremptoire et savoir rester humble quant à la portée de votre étude (sans en minimiser l’intérêt !)

Comparaison à la littérature

Dans cette section, il faut comparer votre résultat principal à la littérature ; comme pour l’introduction, vous pouvez comparer localement, nationalement puis internationalement (encore une fois sur le schéma inverse). Si votre travail est vraiment inédit, vous pouvez comparer à quelque chose de proche. A défaut, vous pouvez juste dire que vous n’avez pas trouvé de résultat similaire dans la littérature (par exemple, si vous avez étudié l’intérêt des internes de médecine générale pour les travaux de BTP).
L’idée est de voir comment vous vous insérez dans le paysage scientifique actuel… (il est peu probable que votre travail le révolutionne, mais il s’agit de vous positionner et rappeler l’intérêt de votre étude).

Ensuite, vous pouvez comparer votre ou vos résultats secondaires (ceux qui répondent à l’objectif secondaire, qui ont fait l’objet d’une section « résultats secondaires » en résultats…).

Comme toujours, il faut privilégier les études de la littérature scientifique (plutôt que des thèses ou mémoires non publiés) : études internationales dans des revues à fort impact factor (Nature, NEJM, BMJ, JAMA, Lancet…), études internationales ou nationales dans des revues connues (Thérapie, Exercer, Presse Médicale…), puis si besoin, dans des rapports (HAS, Insee, etc.) puis des thèses.

Enfin, vous pouvez comparer les caractéristiques de votre population : cela permettra d’enchaîner avec les forces et limites, si vous avez un échantillon comparable à la population cible… ou pas !
Si vous étudiez les médecins ou l’organisation des soins, vous pouvez cette fois être amenés à utiliser des données moins issues de la littérature scientifique, telles que :

• Atlas démographique de l’Ordre National des Médecins (https://www.conseil-national.medecin.fr/sites/default/files/external-package/analyse_etude/nn4fmo/cnom_atlas_demographie_2024_-_tome_1.pdf)
• Carte des professionnels de santé libéraux de la DREES (https://drees.shinyapps.io/demographie-ps/)
• Carto APL de la DREES (https://drees.shinyapps.io/carto-apl/)
• Data de l’Assurance Maladie (https://data.ameli.fr/pages/data-professionnels-sante-liberaux/)
• Insee (https://www.insee.fr/fr/statistiques/4493549)
• Cour des Comptes (https://www.ccomptes.fr/sites/default/files/2024-05/20240513-Organisation_territoriale-soins-premier-recours.pdf)
• etc.

Forces et limites

Dans cette section, vous allez expliquer (d’abord) pourquoi vos résultats sont robustes (forces)… et anticiper les questions/critiques. Il ne s’agit pas de faire des généralités ici mais d’être précis et spécifiques avec les limitations de l’étude.

Voici tout de même quelques exemples « génériques » de forces, qui seront à adapter et personnaliser à votre étude :

• Grande taille de l’échantillon : une population d’étude importante renforce la puissance statistique et la généralisation des résultats ; cette grande taille peut être relative : si vous étudiez les patients avec une prothèse de hanche qui ont terminé l’ultra-trail du Mont-Blanc, avoir 18 patients c’est bien !
• Validité interne : c’est le moment où vous expliquez que vous avez conçu et mis une oeuvre une étude qui limite autant que possible les biais, par exemple :
  • Représentativité de l’échantillon (et extrapolabilité) : la population est comparable à la littérature, notamment avec un mode de recrutement aléatoire ;
  • Conception robuste de l’étude : une étude randomisée contrôlée, un suivi longitudinal sur plusieurs années, etc. C’est le moment de vanter les choix méthodologiques !
  • Utilisation d’outils validés : si vous avez utilisé des questionnaires, tests ou mesures standardisés, validés dans la littérature, notamment dans la langue choisie… c’est mieux, et c’est pertinent de le rappeler ici ;
• Validité externe : vous venez de comparer votre échantillon et vos résultats à la littérature : si ce que vous avez fait est cohérent avec les données existantes, cela « valide » de façon « externe » votre étude ;
• Originalité, pertinence clinique, applicabilité pratique : si vous avez fait une recherche-action, si vos résultats ont un impact rapide et direct sur la santé de la population (ou des internes ou autre), c’est le moment aussi d’en parler !

Une façon amusante de faire est de se demander comment vous auriez pu faire une étude « naze » et ce qui différencie votre travail de ça.

De la même façon, les limites doivent être personnalisées, et peuvent tourner autour des biais en quantitatif (on n’en parle pas en qualitatif !) :

• Biais de sélection (dont données manquantes, perdus de vus…) : l’échantillon peut ne pas être représentatif de la population cible, limitant la généralisation des résultats ;
• Biais d’information (mémorisation, désirabilité sociale…) : erreurs potentielles dans la collecte des données, comme des réponses biaisées, erronées, des mesures inexactes, etc. ;
• Biais de confusion : certains facteurs confondants peuvent ne pas avoir été pris en compte.
• Limitations liées au choix d’étude : une étude observationnelle ne peut pas établir de relation causale (on trouve une association entre 2 variables, pas de lien de causalité) ; un suivi court ne permet pas d’identifier des effets à long terme ; une étude chez les médecins généralistes installés ne permet pas de connaître l’avis des remplaçants, etc.

Les limites sont l’occasion de rappeler ce que vous avez mis en oeuvre pour les diminuer. Je vous rappelle ici qu’il est pertinent d’avoir déjà écrit ces limites avant même d’avoir débuté votre étude (lancé les questionnaires, réalisé des entretiens, etc.) Vous avez donc pu adapter la section méthodes pour limiter ces biais : par exemple, vous avez choisi les répondants de façon aléatoire pour limiter le biais de sélection ; vous avez choisi un délai court pour limiter le biais de mémorisation ; les réponses étaient anonymes pour limiter le biais de désirabilité sociale, etc.

Notez que la place des limites est ici : après les résultats principaux, la comparaison à la littérature et les forces… Ne commencez pas votre discussion par les limites !

Perspectives

Vous poursuivez votre « histoire » (que vous racontez) avec les perspectives :

• l’intérêt d’études de confirmation pour vos résultats principaux et/ou secondaires,
• les questions sans réponse au terme de votre travail (voire les questions nouvelles que vous avez soulevées),
• les directions futures qui n’ont pas été traitées ici car hors de votre champ, etc.

Pensez aux futurs thésards qui seront aux premiers chapitres de leurs thèses, sans sujet, et qui liront (comme vous l’avez peut-être fait) des sections « perspectives » de thèses précédentes sur un vague thème d’intérêt !

Dans toute la discussion, vous écrivez autant que possible à la voix active, au passé (pour les détails, résultats, analyses, le contexte, etc.) ; vous utilisez logiquement le présent pour ce qui est toujours d’actualité :

• « Dans notre étude, l’allaitement maternel prolongé était associé à… »
• « Darwin C. a montré que… »
• « Les résultats suggèrent que… »
• « Notre étude comporte des forces et des limites… »

… mais dans les perspectives, c’est la section de la thèse où il peut être pertinent d’utiliser le futur :

• « Dans un prochain travail, il sera pertinent d’analyser… »

Conclusion

La conclusion est un chapitre à part dans la thèse. Il est difficile de ne pas y re-répéter ce qui a été dit en résultats puis dans discussion > résultats principaux… mais ce n’est pas grave !

L’idée ici est de faire une ouverte. « So what ? » Quelles sont les implications, spéculations, recommandations de votre travail ? A quel(s) point(s) les lecteurs doivent-ils se préoccuper suite à votre thèse ? C’est le moment du « take-home message » : il doit être clair, cohérent avec l’étude. Il faut mieux un message très focalisé mais réel, plutôt qu’un message flou (« peut-être que… »), ne correspondant pas à votre travail.

Encore une fois, il faut se garder de trop extrapoler vos résultats : arrêtez vous modestement à ce que vous avez prouvé… n’allez pas sur le terrain de ce que vous souhaiteriez avoir prouvé ! Un des grands messages que je distille depuis le début est d’écrire la thèse en un premier jet, sans se soucier des résultats initialement, pour avoir un grand cadre : il ne s’agit bien sûr pas de garder une conclusion pré-écrite ! Le but est d’avoir une idée des conclusions possibles (en quantitatif, soit l’hypothèse est rejetée, soit elle ne l’est pas : vous avez 2 conclusions possibles), et de tout mettre en oeuvre pour pouvoir l’annoncer, parce que vous aurez limité les biais, etc. Pré-écrire, c’est anticiper les critiques et donc les prévenir.
Par exemple, si vous étudiez la pratique du waterpong sur la qualité du sommeil, et que sur 100 inclus, 5 avaient poursuivi l’activité à 6 mois et disaient vachement mieux dormir : non, vous n’avez pas montré que le waterpong améliorait la qualité de sommeil. Votre étude soulève la question de l’arrêt précoce plus qu’autre chose.