Dès que vous avez choisi (même vaguement) votre thème, ouvert votre « modèle de thèse », préparé le (premier) canevas des informations que vous rechercherez et compléterez… il va être temps de creuser votre sujet. On va donc quitter (un peu) la forme pour le fond ! C’est l’objet des billets à venir.

La première chose indispensable à faire est d’installer un logiciel de gestion de références bibliographiques… Ce cavalier qui surgit hors de la nuit s’appelle Zotero.
Je ne parlerai uniquement que de ce logiciel libre, open-source, existant en français. Il existe des alternatives à Zotero : Mendeley (gratuit également mais en anglais et détenu par Elsevier), EndNote (payant avec une licence étudiant autour de 125€), etc.

Comme dit hier, tout doit être sourcé — comme dans un « article de qualité » sur Wikipedia, à ceci près que vous avez EN PLUS l’exigence d’utiliser des articles scientifiques autant que possible.

L’ASTUCE « SPEEDRUNNER SA THÈSE »
Je le re-re-re-redis mais ne faites pas de brouillon et mettez directement les informations utiles dans votre thèse au bon endroit pré-établi… avec la source ! Si vous lisez de nombreux documents en prenant des notes rapides sur un brouillon, vous risquez de galérer à retrouver la bonne source à vos informations (notamment si vous l’avez lue plusieurs fois). L’avantage d’écrire directement (et avec source) est que vous ne perdrez rien ET vous vous verrez avancer très concrètement ! En vous rappelant que votre thèse-article doit faire 10-15 pages, votre problème va rapidement être de vous limiter en synthétisant vos informations et en visant une amélioration constante de la qualité au fil des révisions.

Installer et paramétrer Zotero

La première étape consiste à aller sur la page « download » du site Zotero.org depuis le navigateur que vous utiliserez pour votre recherche bibliographique. Vous pouvez télécharger (et installer) le logiciel (« standalone ») ainsi que le connecteur pour navigateur (une extension).
L’installation du logiciel installe également un plug-in dans Word, LibreOffice, Google Docs — vous y retrouverez un onglet « Zotero ». En cas de non-installation, vous pouvez consulter cette page.

La deuxième étape est de prévoir une sauvegarde de votre bibliothèque. Lancez Zotero > Préférences > Synchronisation, créez-vous un compte gratuit et cochez « synchroniser automatiquement » et « synchroniser le texte intégral des pièces jointes indexées ». Cela vous permettra d’avoir accès à votre bibliothèque partout et la récupérer en cas de destruction massive, brutale et inattendue de votre ordinateur 1 mois avant de rendre votre thèse (d’où l’intérêt d’avoir des sauvegardes régulières de votre thèse — sur clé USB, disque dur externe, en vous l’envoyant par mail, sur un Drive ou ce que vous voulez).

Utiliser Zotero

Ensuite, partez à l’aventure :

• sur le logiciel Zotero, créez soit un dossier local « thèse » (Fichier > Nouvelle collection…), soit un dossier partagé, notamment avec votre directeur s’il utilise Zotero (Fichier > Nouvelle bibliothèque > Nouveau groupe — cela vous mènera à la page « création d’un groupe » sur le site, après vous être connecté avec les identifiants créés ci-dessus lors de la deuxième étape).
• dans votre navigateur, quand un article vous intéresse, cliquez sur le connecteur « save to Zotero » dans votre navigateur. Il s’intègre automatiquement dans votre dossier.
• vous pouvez le vérifier sur le logiciel Zotero :
  • si votre fichier est un article (notamment depuis le résumé sur PubMed, la page de l’article, Sudoc, etc.), les informations doivent bien s’intégrer ;
  • si votre fichier est un PDF (par exemple de la HAS, un article Exercer, etc.) ou autre (médias, etc.), vous pouvez tenter un clic droit dans Zotero > Récupérer les métadonnées… mais souvent c’est un échec. Il faudra donc faire un clic droit > Créer un document parent et soit saisir le DOI, PMID, ISBN… soit cliquer sur Saisie manuelle et rentrer nom de l’article, nom des auteurs, date, URL a minima.
• dans Word (ou LibreOffice, Google Docs), quand vous souhaitez sourcer une phrase, allez dans Zotero > Add/Edit citation.
  • lors de la première utilisation sur votre fichier, une fenêtre « Préférences » va s’ouvrir pour demander le « Style de citation » (vous pourrez y revenir en cliquant sur « Préférences »). Généralement les facultés réclament un format Vancouver, que vous retrouverez tout en bas ; vous pouvez opter avec l’avis de votre directeur sur un autre format (notamment si vous projetez de publier votre thèse ensuite).
  • une petite fenêtre en largeur s’ouvre en vous incitant à « saisir un titre, un auteur et/ou une année pour rechercher une référence« . Vous pouvez ensuite cliquer sur la bulle (ou appuyer sur ↓/Espace pour afficher des options de citation : numéros de pages notamment). Vous cliquez sur Entrée… et c’est bon !
  • si votre phrase nécessite plusieurs sources, il faut mettre plusieurs références à la suite dans dans la petite fenêtre en largeur ; si vous avez déjà validé la première, vous pouvez vous positionner sur la référence dans votre fichier (et pas à côté) et cliquer sur « Add/Edit citation » pour… l’éditer et ajouter les références suivantes. En bref, cela doit donner (1;2) ou (1-4) et pas (1)(2) ou (1)(2)(3)(4).
• toujours dans Word (LibreOffice, Google Docs), vous pouvez afficher vos références dans la section « références bibliographiques » de votre fichier : il suffit d’y cliquer sur Add/Edit Bibliography.
• maintenant, si (comme je vous l’ai déjà recommandé) vous n’écrivez pas dans un ordre linéaire, ou si vous déplacez des paragraphes entiers… il vous suffira de cliquer sur « Refresh » pour que « blablabla (1), mon directeur m’a fait déplacer ce paragraphe (8;10), au secours tout est cassé (2-7), que vais-je devenir (9) »… se transforme en « blablabla (1), mon directeur m’a fait déplacer ce paragraphe (2;3), au secours tout est cassé (4-9), que vais-je devenir (10) ». LA MAGIE OPÈRE !
• Ne cliquez jamais sur Unlink citations, sauf si on vous le demande expressément à la toute fin lors de la soumission à une revue.
• Enfin, si vous souhaitez changer votre style de citation (par exemple avoir des références entre crochets [3] ou en exposant³, avoir 3 ou 6 auteurs, etc.), notamment pour publier dans une revue, vous pouvez télécharger de nouveaux styles sur la page dédiée. Vous pourrez y trouver Exercer, Thérapie, Presse Médicale, etc. : il suffit de cliquer dessus, et « Add citation style to Zotero ». Là aussi, LA MAGIE EST UNE CHIRURGIENNE : c’est très pratique si vous soumettez à une 5ème revue après avoir été refusé par les 4 premières, pour vous éviter de sans cesse tout refaire à la main et fondre un fusible.

Comme vous le voyez, c’est assez simple : même si vous êtes du genre à monter un meuble ou un four sans regarder la notice, « parce que je préfère trifouiller, de toute façon c’est toujours les mêmes trucs », ça ira. Et si jamais vous êtes perdu (ou que vous lisez systématiquement les notices en entier avant de toucher quoi que ce soit), que mon bref rappel ci-dessus ne suffit pas, que votre directeur ne sait pas vous dépanner, voici quelques aides :

• la documentation officielle de Zotero (en anglais) : https://www.zotero.org/support/start
• la documentation en français : https://docs.zotero-fr.org
• les tutoriels vidéos de DocToBib (il y a Zotero, mais aussi PubMed, etc.)
• le tutoriel écrit d’Emmanuel Chazard ou sa version vidéo
• les formations en ligne par INRAE, la BIU santé (avec les versions vidéo ici) etc.

En général, les bibliothécaires de BU organisent aussi des sessions de formations présentielles à Zotero (par exemple ici à Lille).

Demain, nous parlerons des recherches bibliographiques !

LE MOT POUR LE DIRECTEUR
L’intérêt d’un dossier partagé (bibliothèques de groupe) est triple :
– intégrer vous-mêmes de nouvelles références (plus rapide et efficace que dire à l’interne « voici la référence à aller chercher ») ;
– corriger ou expliquer comment corriger s’il y a des problèmes (de fond ou de forme) que vous identifiez dans la section « références bibliographiques » ;
– après la thèse, si l’étudiant ne souhaite pas poursuivre et que vous souhaitez envoyer l’article à une revue (avec son accord évidemment !), cela vous permettra d’avoir accès aux références pour corriger d’éventuels problèmes résiduels.