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Une semaine en direct du labo

Posté le 19 février 2019
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La semaine dernière (11 au 17 février), j’ai animé le compte @EnDirectDuLabo. Mon objectif était de parler de la place et l’intérêt de la recherche en médecine générale.

En réponse à ce tweet, j’ai d’ailleurs mis (au fur et à mesure) le menu de la semaine : 

C’était une expérience très sympa, parce que :

  • ça implique de réfléchir un peu différemment à ce qu’on tweete ou retweete (ça n’est pas mon compte, je n’ai pas envie de dire « trop » de bêtise – même si mon contenu n’est au nom du Collectif Conscience, j’ai un peu l’impression d’être « dans leur appart' »)
  • c’est une seule semaine donc ça incite à être productif (et de plus en plus au fil de l’approche de date de fin… un peu comme quand on va finir les vacances et qu’on se dit qu’on a « encore plein de choses à faire » ^^)
  • le public n’est pas le même que sur mon compte (avec globalement un mélange « professionnels de santé » / « amateurs de sagas mp3 » qui me connaissent un peu et sont encore là malgré tout) : ça incite à expliquer ou vulgariser différemment pour être compréhensible par le plus grand nombre,
  • c’est un compte à 11 000 abonnés (soit 5 fois plus que mon compte habituel), qui a un public très différent de mes followers habituels : probablement des followers des prédécesseurs sur ce compte, donc des gens intéressés par la biologie, génétique, astrophysique, économie, archéologie, informatique, géographie, histoire, lettres modernes, mathématiques… bref, un public très varié !

Je suis arrivé avec un sentiment d’imposteur (la semaine d’avant, il y avait un chercheur qui expliquait comment ses travaux permettaient de retrouver un randonneur perdu qui ne peut donner que des informations vagues, avec des super cartes et tout ; c’était Columbo sur le GR20, je trouvais ça trop cool !)

Pour éviter de saouler les gens non intéressés par la médecine, j’ai essayé d’écrire le maximum et balancer par série de 5 à 15 tweets, plutôt qu’un tweet à la fois (ce qui fait remonter dans la TL le même sujet pendant 2 heures…) ; c’est ce que je fais notamment en congrès.

Pour m’assurer que je n’ennuyais pas trop les gens sur ce compte qui n’est pas le mien (#imposteur ^^), j’ai noté le nombre de followers au début (11 238) et vérifié 2-3 fois dans la semaine que ça ne chutait pas (en fait ça progresse toujours un peu et au samedi soir, on était même à +82 \o/… notamment parce que ma TL sur @mimiryudo est terriblement cool et est venue m’écouter « blablater » à côté – bises à vous :*)).

Le dimanche, j’ai exploré les statistiques Twitter pour voir le « bilan de la semaine » (c’est vraiment très détaillé ce truc, c’est marrant… bien qu’avec quelques informations probablement un peu douteuses, comme le « principal sujet d’intérêt » ^^)

Ca fait pas mal "d'impression" (potentielle) des tweets !

Ca fait pas mal « d’impression » (potentielle) des tweets !

Capture d’écran 2019-02-17 à 20.09.24

Ouf, des clics, des RT, des « j’aime » et des réponses. Tout va bien !

La principale passion des followers ? Les chiens. (WTF ?)

Le principal intérêt des followers ? Les chiens, bien évidemment. C’est également leur style de vie, par ailleurs.

Mine de rien, ça a été bien chronophage. Au total, je pense que j’ai passé 12 à 15 heures sur ce compte la semaine dernière, vous comprendrez donc que je n’ai pas eu tellement de temps pour un billet original pour ce mardi matin (on verra pour le suivant ^^). Je vous propose plutôt une rétrospective :

La semaine à venir va me sembler plus calme ^^ A bientôt !

 

 

EDIT : Ma petite présentation quand même…

Je m’appelle Michaël (@mimiryudo), j’ai 32 ans, et je suis médecin généraliste à Outreau (62 – Pas-de-Calais) depuis la fin de mon internat en novembre 2014.
J’ai une triple activité depuis mon clinicat en médecine générale (jusqu’en novembre 2017) :
– soignant (médecine générale) ;
– enseignement, notamment auprès des internes de médecine générale et des étudiants en 6ème année de médecine préparant les épreuves classantes nationales ;
– recherche : après ma thèse d’exercice (sur la collaboration entre le service de médecine interne et le centre de pharmacovigilance), j’ai dirigé 36 thèses depuis novembre 2014, obtenu un M2 en biologie-santé (bio-statistiques) en 2015 et soutenu ma thèse d’université en sciences de la santé à Lille en janvier 2019, sur la recherche de facteurs associés à la maladie d’Alzheimer par la fouille de base de données massives.
Pendant cette semaine avec vous, je partage sur :
– la recherche pendant les études de médecine (générale),
– les possibilités de faire de la recherche au quotidien au cabinet de médecine générale (avec quelques grandes études actuelles),
– l’humour dans la recherche, et les recherches sur l’humour dans la médecine,
– le contenu de PubMed, à travers les articles de médecine parlant de la Saint-Valentin (ravi de ne pas avoir tenu ce compte la semaine de Noël !)
– ma thèse d’université,
– et les différentes thèses que j’ai dirigées.
Pour compléter cette activité médicale, je tiens également un blog (https://www.mimiryudo.com/blog), quand je ne tweete pas…
En dehors de ce milieu, j’écris des fictions sonores dans la sagasphère (notamment sur Netophonix), joue de la musique (trompette et piano), pratique la course à pied et la randonnée (http://www.mic-mat.fr/randonnees), et j’aime le cinéma.
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Ecrire une thèse de médecine – Comment trouver une idée ?

Posté le 5 février 2019
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Comme annoncé dans mes bonnes résolutions, cette année, je vais essayer de vous proposer une série de billets sur l’écriture de thèse. Ce sera l’occasion de partager mon expérience de la direction de thèses : les bonnes idées, les outils à maîtriser, les erreurs à éviter, les imprévus à déjouer… Ce sera une mise à jour détaillée de mon ancien billet sur la thèse, sous forme de questions / réponses.

On commence par « comment trouver une idée ? » Enjoy !

Petite annonce avant de commencer : mardi prochain, il n’y aura pas de billet a priori ; mais vous pourrez me retrouver toute la semaine du 11 au 17 février sur le compte @EnDirectDuLabo ! 😉

Faut-il un sujet de ma discipline (par exemple, médecine générale) ?

Oui.

Depuis la révision du programme des DES, appliquée dès la rentrée 2017/2018, la thèse doit maintenant être « dans la discipline ».

Dans vos recherches, vous pourrez trouver avant 2017 des thèses sur des sujets hors discipline. C’est normal : avant, vous pouviez être en médecine générale et parler de l’apport de l’IRM sur le diagnostic de démence précoce chez des souris transgéniques si ça vous chantait… La logique était de séparer le mémoire pour l’obtention d’un diplôme de « docteur en médecine » (toute spécialité) et le diplôme d’études spécialisées (DES) de la discipline (obtenu après avoir validé les stages de la maquette, les ED et le mémoire/portfolio adaptés).

 

Qui valide mon sujet, et le fait qu’il soit ou non dans la discipline ?

Votre directeur de thèse (si vous en avez un à ce stade). C’est lui qui vous donne le feu vert pour commencer la recherche (ne commencez jamais sans directeur !), puis ensuite constituer un jury et soutenir votre travail de recherche. Sauf s’il aime aller au casse-pipe, il ne le fera qu’en ayant la certitude que tout se passera bien !

Selon les facultés, il peut y avoir une validation par un jury, via une « fiche de déclaration de thèse ». Depuis la réforme 2017/2018, le sujet de thèse doit également être présenté au jury en fin de phase socle puis d’approfondissement.

 

Qu’attend l’université de votre thèse ?

Un article publiable. Consultez des articles publiés en français, car c’est exactement ce que vous devez faire.

Pour détailler un peu, votre travail doit « répondre à une question scientifique pertinente et originale au regard de la littérature internationale pour permettre une publication dans une revue scientifique ». C’est-à-dire que vous devez avoir une introduction menant à une question de recherche, une méthodologie permettant d’y répondre, des résultats (qui seront ce qu’ils sont), une discussion de ceux-ci et une conclusion (plan IMRaD).

Pour être accepté dans une revue, et être appécié par votre jury, votre travail va principalement être jugé sur 3 grands points : « is it useful ? is it new ? is it true ?». Autrement dit, voici les 3 critiques que vous allez devoir désamorcer :

  • En premier : « ça ne sert à rien »… vous devrez, par votre introduction, expliquer en quoi votre travail est utile ;
  • En deuxième : « ça a déjà été fait »… vous devez, là aussi dans votre introduction, indiquer que vous avez lu la littérature, et que votre question répond à une carence de la littérature ;
  • En troisième : « ça a été mal fait »… c’est une critique crainte par les étudiants, mais c’est finalement rare (et constructif) ; vous devrez indiquer dans votre discussion que vous êtes bien conscients des limites de votre travail et ce que vous avez fait pour y remédier, quand vous l’avez pu.

 

Qu’entend-on par un sujet de recherche « original » ?

C’est un sujet qui n’a pas été déjà réalisé (on ne reproduit pas le même travail en boucle). Mais c’est tout ce que ça veut dire.Une grande crainte des étudiants est « si ça a déjà été fait… ? » : en réalité, pour une thèse de médecine générale, c’est hautement improbable. Prenons par exemple 2 sujets :

  • consommation d’AINS chez les coureurs à pied des Hauts-de-France en 2018
  • consommation d’AINS chez les coureurs à pied de l’ultra-trail du Mont-Blanc en 2018.

Même s’ils sont effectivement très proches, ils ne sont pas réalisés dans la même région (rien que cette condition suffirait), et ça n’est pas le même profil de coureur… Ce serait donc bel et bien 2 sujets différents, et deux recherches « originales ».

Pour faire la même thèse, il faudrait que vous étudiiez les mêmes courses, avec un questionnaire très similaire ; vous devriez rapidement vous en rendre compte…

Par ailleurs, la quête de l’originalité ne doit pas vous bloquer. Votre travail ne sera pas « très original », ça c’est une quasi-certitude : mais ça n’est pas grave, car l’originalité pour tous est inaccessible. Pour illustrer, il y a d’un côté 250 films produits par an en France, avec des équipes de professionnels (scénaristes, réalisateurs, techniciens, acteurs…) ; de l’autre, 4000 thèses de médecine générale par an, réalisées le plus souvent par des amateurs de la recherche et sans financement. Avec tout le respect que j’ai pour le cinéma français, il n’y a pas 250 films « originaux » ; donc pas de raison d’avoir une folle originalité sur les 4000 thèses.

Néanmoins, comme dans le cinéma, vous allez faire votre possible pour délivrer un message personnel et novateur, et peut-être vous démarquer du lot ! Pour cela, il faut un sujet qui vous passionne…

 

Sur quelles données peut porter ma thèse ?

Sur toutes !

Pour essayer de synthétiser, vous pouvez travailler sur :

  • des « sciences de la nature » (vous étudiez un phénomène, qui ne va pas se modifier parce que vous l’étudiez), par exemple une maladie ou un traitement ;
  • ou des « sciences humaines et sociales » (vous étudiez la société et les rapports entre humains, qui peuvent modifier leurs réponses et leurs comportements lorsque vous les interrogez, parce qu’ils se savent étudiés), par exemple des patients, des soignants ou des étudiants.

Ces études ont des points communs : elles cherchent à de décrire et analyser de façon rationnelle les faits, se basent sur une littérature existante, utilisent des méthodes transparentes et reproductibles, pour proposer des résultats qui seront discutés et habituellement critiqués par les pairs avant diffusion.

Vous pouvez ensuite travailler sur des données :

  • quantitatives (des chiffres : des taux, des moyennes…),
  • qualitatives (du texte : des dialogues, des discours, des tweets…).

Ces données peuvent provenir de plusieurs sources :

  • littérature: revue de littérature (voire revue de revues de littérature ou umbrella review), méta-analyse, etc.
  • base de données existantes: PMSI, EGB, SNIIRAM, cohorte existante, données sur internat (forums, réseaux sociaux), etc. (on en reparlera)
  • base de données nouvellement créée: questionnaire, etc.

Nous reverrons plus tard comment classer une étude. Mais si vous souhaitez travailler sur l’asthme, vous pouvez étudier :

  • la maladie : sa prévalence, son incidence, etc. (internationale ou nationale dans la littérature, nationale ou locale dans une base de données hospitalière ou ambulatoire, nationale ou locale dans une zone géographique donnée via un questionnaire, etc.)
  • le traitement : son efficacité, sa tolérance, etc.
  • le patient : sa qualité de vie, son observance du traitement, son ressenti, etc.
  • les soignants : leur pratique diagnostique (utilisation de spirométrie au cabinet), leur pratique thérapeutique, leur ressenti,
  • les outils : les vidéos pour l’utilisation des inhalateurs, le site asthme-plongée pour les plongeurs asthmatiques, le développement ou l’évaluation d’une appli, etc.

De façon très pragmatique, je vous conseille de toujours envisager de partir de données existantes avant d’envisager de créer votre propre base (le temps gagné en ne construisant pas la base pourra être réutilisé pour son exploitation). Bien sûr, ça n’est pas toujours possible, et si vous avez besoin de créer votre base, l’important est juste de s’être assuré que c’était justifié.

 

Quelles sont les thématiques possibles pour ma thèse ?

Absolument toutes, en rapport avec la discipline.

Toutes les thématiques sont ouvertes tant qu’il s’agit d’un travail de recherche universitaire.

Pour la médecine générale, votre travail peut donc traiter :

  • de situations relativement spécifiques de médecine générale, pouvant concerner des pathologies ou populations communes avec d’autres disciplines (telles que la pédiatrie, gériatrie, gynécologie-obstétrique, rhumatologie, neurologie, cardiologie, psychiatrie, pneumologie, dermatologie, etc.). Par exemple :
    • suivi longitudinal : quel délai moyen (ou optimal) entre deux consultations pour les pathologies les plus fréquemment rencontrées ? etc.
    • stade précoce et indifférencié des maladies : vécu des patients avant l’annonce d’un diagnostic grave, prise en charge des médecins généralistes devant une épaule douloureuse, etc.
    • organisation : comment sont informatisés les cabinets médicaux en France ? Quelle vision de la sécurité informatique pour les médecins ou patients ? Quel matériel est utilisé (ECG, spiromètre, audiogramme, polygraphe, etc.) ? Quels médecins utilisent un Sensory Baby Test ? Quels sites sont utilisés, par qui et dans quelles circonstances (Antibioclic, Pediadoc, Aporose, etc.) ? Quelles sont les motivations et freins à la télémédecine ? etc.
    • prévention et dépistage : quelles modifications depuis l’obligation vaccinale ? quels médecins réalisent les frottis cervico-utérins ? quelles conséquences d’une indisponibilité des kits de test immunologique fécal en fin 2018 sur l’incidence des cancers digestifs ?
  • … mais aussi aborder des populations très spécifiques ne relevant pas réellement d’une spécialité, par exemple :
    • le recours aux anabolisants dans le milieu du culturisme,
    • les facteurs associés à une performance sportive chez les coureurs à pied,
    • la consommation d’antalgiques chez les cyclistes,
    • les pathologies des membres supérieurs chez les pianistes professionnels,
    • les performances cognitives chez les gamers,
    • le recours aux « soins non conventionnels » dans le XV de France à travers leurs interviews dans la presse,
    • les tatouages et leur association aux performances dans le catch,
    • la consommation d’anxiolytiques chez les écrivains français,
    • l’intérêt de l’art-thérapie dans une unité Alzheimer,
    • la vision de la médecine générale au XXème siècle à travers la bande dessinée,
    • la prise en charge des épicondylites chez les tennismen de votre région…

Et vous pouvez inverser tout ça. On pourrait presque faire un « Easy Sujet de Thèse Creator » (titre piqué aux amis de Netophonix ^^) : le recours aux anabolisants chez les cyclistes, la consommation d’antalgiques chez les pianistes professionnels, la consommation d’anxiolytiques au XXème siècle à travers la bande dessinée, etc.

Comment choisir son sujet de thèse ?

Vous allez consacrer du temps à votre thèse, donc il faut que ça vous plaise.

N’hésitez pas à vous poser la question suivante : « qu’est-ce qui m’intéresse dans la vraie vie ? » Est-ce la musique, la peinture, la danse, la BD, la littérature, le sport, le cinéma, l’histoire, les jeux vidéo, les sagas mp3…

Demandez-vous ensuite comment la relier à votre discipline (qui est ce que j’ai fait ci-dessus par exemple).

Si vous ne trouvez pas tout seul, faites une recherche rapide pour voir les sujets déjà en lien avec « ce qui vous plait » dans la littérature scientifique, en utilisant en premier (dans cette quête d’un sujet) :

  • LiSSa (littérature scientifique en santé)
  • Sudoc (thèses)
  • PubMed (en anglais)

Par exemple si vous cherchez « jeux vidéo » sur LiSSa, vous trouvez plus de 300 ressources (en févier 2019) avec leur intérêt en pédiatrie, gériatrie, rééducation, psychiatrie, neurologie ; leur impact sur les performances cognitives, sur le sommeil ; les risques d’addiction ; les pratiques des médecins généralistes… Sur le même moteur de recherche, vous avez près de 70 références avec « bande dessinée » concernant son intérêt dans l’enseignement aux médecins, la place du médicament dans Tintin, l’intérêt de BD pour informer sur une pathologie ou un suivi, etc. Cela pourra également se rapprocher de la « bibliothérapie » pour la littérature en tant que thérapie (24 références). Concernant le terme « cinéma », vous trouverez également des références sur « la thérapie par le film », à côté d’articles sur la représentation de la psychiatrie, des addictions, des transplantations à travers les écrans, etc.

Bref, aller sur un de ces moteurs de recherche et taper le mot-clé en lien avec ce qui occupe vos temps libres peut être une bonne solution pour trouver un sujet qui vous plaise vraiment.

Bien sûr, ne me faites pas dire ce que je n’ai pas dit : ça n’est pas parce que ça n’est pas « votre passion » que vous ne devez pas choisir un sujet ! Je ne voudrais pas être responsable d’une vague de sujets sur « Netflix et médecine générale ». Vous pouvez aussi préférer répondre à une question médicale qui vous intéresse. Ce qui compte, c’est que ça vous plaise.

Si je n’ai pas de sujet, que puis-je faire ?

Nous avons vu que vous pouvez TOUT traiter, à partir d’à peu près toutes les données.

Il y a (à mon sens), quatre sources principales pour trouver un sujet de thèse :

  1. Vos passions ou sujets d’intérêt… C’est ce qu’on vient de détailler ci-dessus : posez-vous la question de relier « votre passion » avec « votre discipline ».
  2. La pratique… Une situation clinique, relationnelle, professionnelle, voire personnelle vous interroge et vous amène à faire des recherches. (Ca n’est pas parce que ça ne concerne pas votre passion que ça n’a pas d’intérêt bien sûr !)
  3. Si vous n’avez pas de situation qui vous amène à une thèse… Consultez les actualités en recherche :
    • Les thèses: de façon générale via le site Sudoc ; vous pouvez également consulter les thèses de votre faculté. Par exemple, à Lille, nous avons le Panorama des Productions Universitaires ou PEPITE (http://pepite.univ-lille2.fr/) qui permet une recherche par discipline notamment.  Cela permet de voir les thématiques, et éventuellement d’avoir des idées toutes faites en lisant les « perspectives » à la fin de la discussion ;
    • Les revues: Exercer, Prescrire, BMJ, NEJM, Lancet… vous pouvez lire un numéro en entier (le dernier en date, celui du mois de votre dernier anniversaire ou autre mode de sélection aussi pertinent) et regarder ce qui se fait actuellement (là encore les paragraphes « perspectives » sont intéressants) ;
    • Les revues d’hypothèses : il existe des revues ne faisant que formuler des hypothèses, telles que Journal of Medical Hypotheses and Ideas, ou Medical Hypotheses…
    • Les congrès : 2 jours à écouter des communications et lire des posters, ça donne des idées souvent ; vous pouvez également retrouver les programmes de ces congrès – pour la médecine générale, jetez un œil aux 3 majeurs : CMGF, CNGE, congrès de l’océan Indien ;
    • Les communiqués d’agences biomédicales: par exemple l’ANSM (http://ansm.sante.fr/Mediatheque/Publications/Informations-recentes), l’InCA, etc. ;
    • Les vraies actualités : via les journaux scientifiques, les journaux grands publics, les réseaux sociaux tels que Twitter, etc.
  4. Si vous n’avez aucune idée malgré ces recherche… Demandez à votre directeur de thèse s’il n’a pas un sujet à traiter ! Attention, n’oubliez pas la règle d’or : le sujet DOIT impérativement vous plaire. Ne vous engagez donc pas à la légère si votre directeur vous propose un sujet qui ne vous intéresse pas.

Une fois que vous avez trouvé la thématique et le sujet qui vous plaisent, nous verrons la prochaine fois comment bien définir votre objectif (ou question de recherche).

En bref

·       Votre thèse doit être dans votre discipline, et cela est validé par votre directeur de thèse (indispensable après avoir trouvé votre idée au plus tard), puis en général par les responsables de votre DES.

·       Votre thèse doit être un article scientifique : elle doit donc se baser sur la littérature, identifier une carence et tenter d’y répondre en partie. Elle ne sera probablement pas aussi originale que vous le souhaitez, mais ça n’est pas grave, car elle aura déjà permis à sa façon de faire (un peu) progresser les connaissances. Et c’est tout ce qu’on lui demande !

·       Choisissez un sujet qui plait, idéalement dans vos sujets d’intérêt (hors médecine, ou en médecine). Si votre thèse vous passionne, la réalisation n’en sera que plus agréable et le rendu meilleur.

·       N’ayez pas peur d’envisager de nombreuses options avant de vous lancer à corps perdu dans la première idée que vous avez (ou qu’on vous propose). Vous trouverez toujours un sujet de thèse, pour peu que vous cherchiez un peu.

 

Exercice avant le prochain billet :

  • Cherchez sur LiSSa ce qui est « votre principale source d’intérêt » et synthétisez les sujets traités à partir des titres des 3 premières pages…

 

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Un peu d’humour dans la recherche (deux vidéos)

Posté le 15 janvier 2019
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On a déjà parlé des concepts en médecine générale, et de quelques parodies qui ont pu avoir lieu sur ce sujet : la célèbre vache Marguerite de Paul Frappé, une vidéo de 2015 sur « The Clawguerite » (en bas de ce billet)…

De façon plus large, tout ça s’inscrit dans « l’humour universitaire », qui peut prendre beaucoup de forme : blogs, vidéos, une thèse de 2003 sur les contrepétries en médecine, le compte Twitter « la thèse de Juliette » Ferry-Danini, des comics en ligne pour PhD comics (un peu dans l’esprit de XKCD) ou encore une BD publiée pour les Carnets de thèse de Tiphaine Rivière…

Personnellement, j’aime bien aussi glisser des références dans certains articles (le plus facile à placer étant un dérivé de « de grands pouvoirs impliquent de grandes responsabilités » ; mais sur celui-ci j’ai placé une référence aux Trois Frères).

Capture d’écran 2019-01-13 à 20.34.21

Je suis sûr que je ne suis pas le seul à faire ça, mais c’est quand même vachement plus caché quand même… ^^ Et puis bien sûr, il y a ceux qui sont carrément hors concours : les chercheurs qui appellent un gène Sonic Hedgehog par exemple, Smaug, ou Neo, Trynity et Morpheyus pour des gènes de matrice extra cellulaire (chez la drosophile), ou encore les gènes Superman, Clark Kent ou Kryptonite chez la plante… Vous trouverez d’autres exemples ici ou là… C’est un peu le même principe qu’en astronomie, quand les découvreurs nomment les astéroïdes Monty Python, James Bond ou Mr. Spock par exemple…

J’ajoute aujourd’hui (avant-hier en fait) un petit caillou à ce grand édifice concernant les points SIGAPS (dont nous avons parlé il y a très peu de temps). Parce que ça fait un moment que j’y pense, et qu’il fallait que je le fasse… Ca a été l’occasion amusante de réapprendre à utiliser un peu Motion : intégrer du texte sur une vidéo, et intégrer une vidéo sur une télé (une Philips Segantini, modèle 20CT4426 de 1983, qui ressemble assez à celle de ma mère dans mon enfance – mais pas sûr que ça soit celle-ci ^^’)…

Et pour retrouver « The Clawguerite », c’est ici… 😉

EDIT du 3 octobre 2020.

En discutant sur un groupe MP, j’ai découvert cette phrase du Dr. Folkman de 1998 à propos des « effets d’annonce » de médicaments efficaces in vitro ou chez l’animal : « ‘if you have cancer and you are a mouse, we can take good care of you. »

Et sinon, nous avons publié un article canular dans une revue prédatrice en août 2020 : il a fait le tour du web (scientifique au moins), et son histoire est racontée ici !

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Itinéraire d’un article publié (2/2) : du choix de revue à la publication

Posté le 18 décembre 2018
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La semaine dernière (bon, en vrai, j’ai écrit ces deux articles le 5 décembre mais passons…), nous avons vu les pré-requis sur l’impact factor et points SIGAPS notamment… Voyons maintenant comment (tenter de) publier un article, avec quelques trucs et astuces glanés au fil des expériences.

Etape 1. Choisir la revue

C’est indispensable de commencer par ça. D’une part, parce qu’écrire en français ou en anglais, c’est un peu différent 😉 D’autre part, parce que CHAQUE revue aura ses petites habitudes en matière de présentation, de références bibliographiques, de sous-titres, de parties supplémentaires. Pour certaines, il faudra une partie en plus pour décrire la revue de littérature menée au préalable ; pour d’autres, il faudra une partie « ce qu’on savait, ce qu’on apprend avec cet article » ; pour une troisième, il faudra écrire un résumé en moins de 200 mots..

Pour cette étape, il y a plusieurs aides :

  1. Encore une fois, savoir ce que vous voulez : un IF élevé, un SIGAPS haut ? Dans ce cas, il est intéressant de consulter le Journal des Citation Reports, pour avoir les « impact factor ». L’URL ne fonctionne pas seule (même en utilisant l’identification sur la partie basse de la page) : il faut venir de votre page de BU si elle y est abonnée (par exemple à Lille c’est ici, puis Web of Science puis en haut Journal Citation Reports). Vous pouvez extraire ce qui vous intéresse en fichier Excel comme ci-dessus.
  2. les outils de quelques grands groupes éditoriaux :
  3. PubMed et votre propre bibliographie… Si vous voulez publier un article sur le score diagnostique TRUCMUCHEBIDULE, et que ce score a 10 articles sur PubMed dont 7 dans la même revue… commencez par cette revue. Sinon, jetez un oeil à votre bibliographie et regardez quelle revue revient le plus : c’est sûrement celle qui pourra être la plus intéressée par votre article.
  4. enfin, si après soumission, votre article est refusé, vous recevrez parfois des propositions d’autres revues : Alzheimer’s and Dementia renvoie vers A&D : Diagnosis Assessment and Disease Monitoring ; un membre de chez Springer pour vous envoyer un mail pour vous proposer une ou plusieurs autres revues du groupe ; un relecteur peut vous conseiller une autre revue, etc.

Etape 2. Lire les recommandations aux auteurs et télécharger un article

Après avoir sélectionné quelques revues dans lesquelles vous pourriez publier votre article, vous avez jeté votre dévolue sur une en particulier (pour des raisons qui vous regardent : IF plus élevé, délai de réponse plus court, bonne expérience avec cette revue préalablement, lectorat plus adapté, etc.)

Dans ce cas, il faut aller sur leur site (en cherchant simplement sur Google), aller sur la revue, chercher « recommandations aux auteurs » ou « instructions aux auteurs », et appliquer les consignes (Times 12 ou Arial 12, etc.)

Je vous conseille également de regarder un article proche de celui que vous allez publier ; c’est un bon moyen de vérifier que vous allez faire une mise en forme qui convient. Ca peut aussi vous montrer comment gérer les sous-parties (peut-on mettre des sous-titres ? faut-il mettre des numéros, genre 2.1.2, 2.1.3, etc. ?)

Etape 3. Utiliser le bon style avec Zotero

J’ai déjà insisté lourdement sur l’intérêt de Zotero dans ce billet, ou celui-ci ou celui-là. Une raison supplémentaire, c’est que vous pouvez assez facilement changer vos références pour correspondre au style de la revue, en utilisant les « styles » Zotero justement. Ils sont disponibles sur cette page : https://www.zotero.org/styles

Admettons que vous venez d’essayer de publier dans la Presse Médicale : toutes vos références sont entre des crochets séparés par des tirets. Votre article est refusé, vous voulez le soumettre à Exercer… Vous devez remettre toutes vos références en exposant et séparés par des virgules (et puis il y a d’autres petites subtilités à revoir dans vos références ; pour d’autres revues, il faudra peut-être mettre le titre de la revue en italique, retirer le numéro de volume, ajouter le doi, etc.)

S’il n’y a pas de style disponible, vous pouvez soit le créer vous-même (mode expert ^^), soit en utiliser un approchant (en général, je préfère celui de La Presse Médicale ou Thérapie, qui sont plus classiques que le « Vancouver » natif de Zotero).

Etape 4. (Ré)écrire votre article (quelques astuces)

Vous avez tous les éléments en main… il n’y a plus qu’à écrire, en respectant les bonnes consignes. Ca peut être très rapide si la thèse a été pensée pour la publication ; ça peut être un vrai chemin de croix sinon…

Etape 4.1. Avoir un modèle

Je ne l’ai fait qu’une fois (pour mon premier article), mais ça m’est récemment arrivé de le conseiller et je pense que c’est une bonne idée. Si vous ne savez pas comment écrire votre article, qu’il vous semble mal organisé ou brouillon, vous pouvez télécharger un article récent qui vous semble de qualité (*toussote* grâce à Sci-Hub *toussote*).

C’est utile, comme dit plus haut, pour la mise en page… mais aussi pour la forme globale du contenu. Vous pouvez ainsi essayer de comprendre chaque phrase et transposer votre article dessus. Attention, il ne s’agit pas de faire un plagiat bien sûr ! Il s’agit de réorganiser votre travail en utilisant un patron « concret » (on utilise déjà tous à peu près le même patron « théorique » de toute façon, vous ne plagiez pas la forme…)

Etape 4.2. Gérer une bibliographie désastreuse

Un des éléments qui peut le plus rebuter pour passer d’une thèse à une publication, c’est la bibliographie. Si c’est une galère, ça peut vraiment vous prendre longtemps… Donc si vous ou votre thésard avez complètement pété la bibliographie (n’a pas utilisé Zotero, ou a cassé les liens, ou a fait des choses innommables avec), il y a 3 possibilités :

  • soit il a utilisé Zotero, mais les références sont immondes. Dans ce cas, vous pouvez aller sur la bibliographie dans le document texte, faire « Edit Bibliography » et les modifier une à une (surtout ne pas modifier directement, sinon vos corrections disparaitront au premier rafraîchissement),
  • soit il n’a pas utilisé et vous pouvez tout refaire. Dans ce cas, je vous conseille de prendre chaque référence, les ajouter à votre bibliothèque Zotero une à une ; puis revenir sur le ficher texte et créer les références au fur et à mesure en remplacement des anciennes.
  • soit c’est un peu le bazar et/ou vous avez la flemme de tout reprendre, alors que finalement la bibliographie n’est pas si mal. Dans ce cas, voici ci-dessous une astuce que j’ai chopée quand j’ai travaillé un peu avec Prescrire pour les références (ils n’utilisaient pas Zotero).

Admettons que vous ayez le texte suivant : « blablablabla (1,2). Pourtant, blibliblibli (3 – 6). C’est pourquoi bloubloubloublou (7).
Références :
1. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
(…)
7. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

L’astuce consiste à mettre des symboles avant et après ces chiffres, par exemple #1#. Ca donnerait donc :  « blablablabla (#1#,#2#). Pourtant, blibliblibli (#3#, #4#, #5#, #6#). C’est pourquoi bloubloubloublou (#7#). Références :
#1#. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
(…)
#7#. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

(Notez que j’ai transformé 3 – 6 en 3, 4, 5, 6 parce qu’il faut individualiser chaque article à ce stade). 

Ensuite, vous pouvez déplacer, supprimer, faire votre oeuvre. Par exemple…

« blibliblibli (#3#, #6#) et bloubloubloublou (#7#). Néanmoins, blablablabla (#1#,#2#). Références :
#1#. Auteur 1. Titre 1. Revue Année;Volume:Pages.
(…)
#7#. Auteur 7. Titre 7. Revue Année;Volume:Pages. »

(Notez, que j’ai supprimé des références).

Enfin, il ne vous reste plus qu’à tout remettre au propre à la toute fin, en relisant votre article et en remplaçant chaque référence (dans tout l’article, avec un Ctrl+H) par son numéro d’apparition. Donc ici #3# devient 1, #6# devient 2, #7# devient 3, #1# devient 4 et #2# devient 5, soit :

« blibliblibli (1, 2) et bloubloubloublou (3). Néanmoins, blablablabla (4,5). Références :
1. Auteur 3. Titre 3. Revue Année;Volume:Pages.
(…)
5. Auteur 2. Titre 2. Revue Année;Volume:Pages. »

…

…

Je vous ai déjà dit que c’était mieux d’utiliser Zotero ?

Etape 5. Choisir l’ordre des auteurs

Ah, l’ordre des auteurs… Pour rappel, les points SIGAPS c’est « x 4 » pour premier et dernier ; « x 3 » pour deuxième et avant-dernier ; « x 2 » pour le 3ème auteur ; « x 1 » pour les autres places.

Ca peut batailler ou ruser pour avoir une bonne place. Quelques règles tout à fait personnelles – à vous de vous faire les vôtres :

  • le premier auteur est celui qui a le plus bossé (en temps) sur le travail : le thésard ou son directeur en l’occurrence (parfois, le temps de réécriture est vraiment important…)
  • ce n’est pas parce qu’il soumet que le directeur doit être premier auteur (j’ai soumis tous les articles de toute façon, c’est trop pénible pour être fait par un interne – sauf s’il a un projet d’universitaire…)
  • le dernier auteur est soit le directeur si le thésard est en premier, soit un PU qui a rendu le travail possible (en donnant l’accès à une base par exemple) ou qui a proposé des corrections importantes dans son champ d’étude… c’est un peu difficile à définir,
  • s’il n’est ni 1er ni dernier, le directeur doit être 2ème auteur,
  • en général, je considère que les jurys de thèse, par leur relecture et avis ayant contribué à améliorer l’article peuvent être dans les co-auteurs ; j’ai toujours fait ça, mais on m’a dit assez récemment que c’était une contribution trop modeste, donc j’y réfléchis un peu plus maintenant,
  • le 3ème auteur et l’avant-dernier, c’est quelqu’un qui a travaillé sur la thèse ; s’il n’y a pas, c’est un membre de jury ou un relecteur qui en a le plus besoin pour sa carrière universitaire, voire hospitalière (parce que les points SIGAPS c’est aussi des sous…)
  • et pas d’auteur fantôme.

En pratique, je déroge souvent à ces règles… ^^ Et le message que je peux donner c’est attention à la place de n°2, celle que vous pouvez vous attribuer par politesse pour le thésard (en premier pour son travail passé, alors qu’il n’a pas touché à l’article après sa thèse) et les PU présents à la soutenance (place classique de dernier auteur…) Or, c’est une assez mauvaise stratégie puisque les critères CNU sont « premier ou dernier auteur » = utile ; « reste = peu utile ».
Personnellement, je ne sais pas dire à un interne qui a vraiment bien travaillé « je vais te prendre la première place parce qu’à moi ça pourrait être utile un jour, mais pas à toi »… mais c’est ce que je devrais faire pour respecter les critères CNU et les points SIGAPS (… ou comment un système peut inciter à « minorer » la contribution d’un étudiant sur un travail).

Etape 6. Soumettre et se soumettre

Voilà, votre article est prêt ! Bravo ! Il ne vous reste plus qu’à soumettre…

Deux possibilités s’offrent à vous :

  • vous êtes sur une revue un peu familiale et sympathique et vous pouvez envoyer par mail… C’est (c’était ?) le cas par exemple de la partie gériatrie de la revue Gériatrie et Psychologie, Neuropsychiatrie du Viellissement (indexée sur PubMed), de la Revue de médecine périnatale et d’Exercer (indexés hors PubMed).
  • vous êtes sur une revue avec un système de publication, comme le plus souvent (EES ou EVISE chez Elsevier, vraiment le plus classique, celui que vous êtes presque content de retrouver…)

Sauf si vous êtes rodé, vous pouvez compter 2 bonnes heures pour soumettre un article, parce qu’il va toujours vous manquer des trucs. C’est peut-être une étape pensée pour décourager les chercheurs… Parmi ce qui va vous manquer / va falloir refaire :

  • vous ne devez pas laisser les figures et tableaux dans le texte (en général), mais juste leur titre en français et anglais
  • il faut mettre les tableaux à part OU à la fin du texte (ça dépend) et les figures à part, au format PDF
    • petite astuce : créez un fichier texte « tableaux et figures » puis vous supprimez tout sauf le tableau 1, vous faites « enregistrer sous… Tableau 1.doc », vous faites annuler, vous supprimez tout sauf le tableau 2, vous faites « enregistrer sous… Tableau 2.doc », etc.
  • le résumé en anglais si vous publiez en français (bon, surtout les premières fois, après vous allez y penser). Si vous êtes mauvais en anglais, utilisez DeepL pour la traduction, c’est plutôt efficace (vérifiez un peu quand même bien sûr…)
  • les mots-clés selon le MeSH en français et anglais (HeTop va vous sauver)
  • les affiliations de vos co-auteurs
  • 1 à 5 noms de reviewers, avec leur adresse mail et pourquoi les avoir choisi
  • la « cover letter » où vous dites en quelques lignes (10 à 15 lignes je dirais ?) pourquoi votre article mérite d’être publié dans cette revue.

Une fois terminé, vous devez vérifier le PDF, soumettre…

… et attendre… 1, 2, 3, 6, 9 mois parfois, c’est très variable !

En général, les « grosses » revues ont tendance à répondre rapidement (les revues du BMJ c’est plutôt un mois ; une revue française sans IF peut mettre 6 mois ; j’ai un article qui est depuis 2 ans chez Pédagogie médicale qui s’est arrêtée en fait…)

A noter également que certaines revues (par exemple chez PLoS) vous incitent à publier au préalable sur bioRxiv, une archive de preprints. A vous de voir si vous souhaitez que votre article soit public avant relecture par des pairs… A mon sens, pour des petits articles, ça pose plusieurs problèmes : le fait d’être spolié (même si j’y crois peu), mais surtout le fait que votre article puisse se retrouver diffusé avant relecture et amélioration par le peer-reviewing (comme ça a été le cas, sûrement sous l’impulsion des co-auteurs, pour cet article le mois dernier… dont j’avais rapidement parlé en réponse à Alexe ici)… Et puis ça contribue un peu à l’idée d’immédiateté : recherche finie, recherche diffusée, avant la relecture par les pairs, c’est un peu étrange ; c’est comme si un auteur filait son brouillon avant relecture et mise en forme par son éditeur. Sauf si vous avez une recherche révolutionnaire, ça doit pouvoir attendre 3-4 mois que le processus soit terminé (mais j’imagine que ça a un intérêt pratique important pour certaines recherches, notamment en génétique).

Etape 7. Corriger

Une fois le délai écoulé, vous recevez une réponse :

  • Votre article est accepté : c’est peu probable… sauf s’il n’y a pas de comité de lecture.
  • Révisions mineures : ça arrive parfois, et c’est très agréable. A quelques mots près, quelques paragraphes à déplacer, votre article va être publié. Il faut bien sûr effectuer les corrections demandées (ou à défaut si c’est infaisable, l’ajouter dans les limites de votre travail en discussion) et répondre au reviewer en le remerciant de son avis, son intérêt, et en détaillant chaque correction effectuée, point par point ;
  • Révisions majeures : en général, c’est plutôt bon signe. Les modifications vont être plus longues, mais l’article sera accepté (ou en révisions mineures) au prochain tour.
  • Votre article est refusé : ça arrive souvent ; allez voir ailleurs sans vous décourager, en reprenant à l’étape 3 ou 5. Souvent il y a quand même des commentaires sur les raisons du revue si c’est allé jusqu’au comité de lecture, ça peut vous aider à améliorer l’article.

Etape 8. Valider (toujours), payer (parfois), diffuser (partout)

Supposons que votre article ait été accepté. Si c’est le cas, vous allez recevoir des mails. Si vous avez publié chez Elsevier, vous ferez connaissance avec Kir Kaur (la personne dont vous adorerez recevoir des mails). Il faut penser à lire ces mails, pour valider (encore une fois) le fait que votre travail est bien original, n’a pas été effectué pour un gouvernement, respecte les bases éthiques en vigueur, ce genre de choses.

Vous devez aussi remplir un document pour dire si oui ou non vous voulez des tirés à part (la réponse est non, car vous aurez le PDF et qu’il ne faut pas exagérer non plus). Vous pourrez éventuellement choisir pour diffuser votre article en Open Access (c’est donc le chercheur qui paie pour que la revue diffuse librement son article au plus grand nombre, au lieu que le lecteur paie pour avoir accès). Enfin, il est possible que vous receviez une facture, comme prévu avant dans les recommandations aux auteurs, si vous avez dépassé le nombre de pages notamment.

Enfin, une fois votre article accepté, il sera en pré-publication, vous recevrez sûrement un PDF (pas toujours), il sera accessible sur internet… Ca sera l’occasion de le diffuser sur vos réseaux sociaux ou professionnels. Je vous incite justement à vous inscrire sur ResearchGate, qui est une sorte de « Facebook » des chercheurs (sans groupe gilet jaune ^^’) où vous pouvez ajouter vos PDF de façon privée ou publique, et les partager avec ceux qui le souhaite. C’est un bon moyen de diffuser vos travaux, montrer ce que vous faites et voir ce que font les autres (ça et les congrès bien sûr… ;-))

Par ailleurs, en général, vous recevez une invitation à partager librement votre article pendant quelques jours (par exemple chez Elsevier, c’est ce courriel).

Partagez pendant 50 jours !

Partagez pendant 50 jours !

Etape 9. Remercier votre éditeur…

Après tout ça, l’éditeur vous enverra un questionnaire de satisfaction, ainsi qu’aux relecteurs bénévoles. Vous pouvez le remplir si vous le souhaitez, mais ne vous en sentez pas obligés non plus. Pour rappel, Elsevier (par exemple) :

  • reçoit gratuitement des articles par des chercheurs A, B, C respectivement
  • en publie les meilleurs (après sélection gratuite par les chercheurs B, C, A respectivement)
  • les fait payer aux chercheurs C, A, B respectivement, avec des coûts exorbitants
  • puis demande aux chercheurs A, B, C ce qu’ils pensent du processus et comment améliorer le travail de B, C et A…

Evidemment il y a plus que 3 chercheurs, mais globalement, on tourne quand même pas mal en rond, et sur la tête… Il y a d’ailleurs une manifestation sur le coût de la connaissance.

Etape 10. … et recommencer

Voilà, vous avez diffusé de la connaissance et un travail de recherche. Avec un peu de chance, il sera cité une ou deux fois (ou beaucoup plus si vous avez publié un travail d’importance majeure, ce qui est rarement le cas… en ce qui me concerne en tout cas ! :D) Vous pouvez penser au travail suivant qui méritera d’être diffusé. A la fin, vous y prendrez peut-être même un peu goût… 😉

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Commentaires fermés sur Itinéraire d’un article publié (2/2) : du choix de revue à la publication

Itinéraire d’un article publié (1/2) : pré-requis

Posté le 11 décembre 2018
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Après les précédents billets sur le calendrier de l’avent du Netophonix en cours (et que je continue à vous recommander ^^), retour à la médecine 🙂 Commençons par deux sites d’intérêt récemment découverts, à ajouter à la liste précédente :

  • le génial MedicoSport de Vidal, qui liste pour les principales activités physiques les bénéfices attendus, les risques, le niveau de fun ou technicité… C’est très bien fait, je l’ai même inclus de base sur mes certificats de sport (je le laisserai parfois, ou je supprimerai – en tout cas, ça me fera penser à aller consulter le site, car c’est toujours le problème quand on trouve de bons sites, parfois on les oublie…) https://www.vidal.fr/infos-sport-medicosport-sante/
  • un site-appli pour utiliser la liste Stopp & Start, à utiliser soit de façon systématique (dans le cadre d’une thèse ? ;)), soit de façon ponctuelle pour quelques patients aux lourdes ordonnances : http://stoppstart.free.fr/ C’est le travail de thèse du Dr Anne Frey-Geoffret de Versailles, présenté ici.

Bien, sinon le sujet du jour (et de la semaine prochaine) est l’itinéraire d’un article. Je parle ici à partir de mes petites expériences, dans des journaux n’ayant souvent pas de grandes prétentions. Soit vous connaissez déjà et ça va vous amuser, soit vous ne connaissez pas et ça va sans doute vous sembler un peu sordide.

Tout commence par une idée…

De cette idée peut naître une thèse ; de la thèse peut naître un article.

Supposons que la soutenance de thèse, telle la guerre de Troie, a bien eu lieu… Vous voici désormais avec un document a priori bien présenté, avec des références qui fonctionnent, le tout assez proche d’un article si vous avez suivi ce billet par exemple. Dans mon expérience (n = 34), sans contrat préalable passé entre le directeur et le thésard à ce sujet, moins de 10% des thésards vont écrire eux-mêmes un article… ça sera donc au directeur (vous ?) de s’y coller s’il pense que la recherche menée présente un intérêt pour d’éventuels lecteurs (oui, parce que bon, sinon c’est assez peu utile et motivant). Il y aura alors plusieurs étapes à respecter.

Pré-requis. Connaître votre objectif de vie (et 2-3 mots-clés). 

Si votre objectif est d’être universitaire, il y a des critères à respecter, disponibles sur le site du CNU. Par exemple, pour la médecine générale (sous-section 53.03), il faut 5 articles dont au moins 2 dans les revues de médecine générale (= Exercer principalement, le message est très clair) et 3 dans une revue avec un impact factor (IF) supérieur ou égal à 1.

Critères CNU concernant les publications pour être MCU de médecine générale (il y a des critères cliniques, enseignements...)

Critères CNU concernant les publications pour être MCU de médecine générale (il y a des critères cliniques, enseignements…)

Pour d’autres sous-sections, ça sera 3 articles en premier auteur dans les revues de la discipline ; 5 articles originaux en premier, deuxième, avant-dernier ou dernier auteur, dans des revues rangs SIGAPS A ou B ; etc. Il y autant de critères que de sous-section.

Si votre objectif est de publier pour diffuser et valoriser les travaux que vous avez fait ou accompagné, il y a trois choses importantes.

1 – Est-ce que votre article est formidable et peut être publié dans une revue avec un IF furieusement haut ?

On parle ici par exemple des revues de rang SIGAPS A ou B :

  • NEJM (IF à 79,258)
  • Lancet (IF à 53,254)
  • JAMA (IF à 47,661)
  • Nature Medicine (IF à 32,621)
  • BMJ (IF à 23,295)
  • et tant d’autres : PLoS Medicine, American Journal of Preventive Medicine, Am J of Spots Medicine, Cell, Chest, Alzheimer’s and Dementia, Blood, Gut, Haematologica, Heart, etc.

Si oui, d’une part, allez-y et bonne chance ; d’autre part, vous n’avez rien à apprendre ici, merci d’être passé !

2 – Sinon, est-ce que vous voulez que votre article modeste puisse être facilement retrouvé demain ? 

Si oui, il faut vous tourner vers les revues indexées, et en priorité les revues indexées sur MEDLINE (PubMed).

A défaut, vous pouvez vous tourner vers des revues indexées sur d’autres bases, telles que Web of Science de Clarivate Analytics (depuis 2018, Exercer est indexée sur cette base, qui peut par exemple être retrouvée via le moteur de recherche français LiSSa, et lui permettre d’être « NC » sur SIGAPS – au lieu de ne pas y apparaître).

Si vous vous en fichez, vous pouvez vous tourner vers des revues non indexées.

3 – … ou est-ce que vous voulez que votre article modeste soit lu aujourd’hui ?

Dans ce cas, les journaux français de spécialité sont intéressants, quelque soit leur IF. Citons par exemple :

  • Thérapie (… qui en plus a un IF à 1,52, , SIGAPS D) à laquelle sont abonnés les centres de pharmacovigilance
  • Revue d’épidémiologie de santé publique (IF à 0,716, SIGAPS E)
  • Revue de pneumologie clinique (IF à 0,343, SIGAPS E)
  • Progrès en urologie (IF à 0,819, SIGAPS E)
  • L’Encéphale (IF à 0,599, SIGAPS E)
  • Annales de cardiologie et angiologie (pas d’IF, SIGAPS NC)
  • Exercer (pas d’IF, SIGAPS NC)
  • etc.

A priori, personne en France n’est abonné à « American Journal of Alzheimer’s disease and other dementias » (IF = 1,774). L’article sera lu par les gens qui chercheront la thématique en lien avec votre article : il sera sûrement lu (demain), mais probablement moins aujourd’hui que si vous le publiez dans l’Encéphale ou dans Exercer.

Quelques définitions : 

J’ai parlé d’impact factor (IF) et SIGAPS, qui sont les deux principaux outils de bibliométrie utiles en France. Les spécialistes de bibliométrie diront qu’il en existe d’autres : CiteScore, Source Normalized Impact per Paper SNIP, SCImago Journal Rank SJR, etc. Mais faisons simple : soit vous voulez être universitaire et ce qui compte en 2018 c’est encore très majoritairement IF et SIGAPS ; soit vous ne voulez pas être universitaire et dans ce cas, vous vous en fichez (sauf si vous êtes un spécialiste de bibliométrie ^^)

L’IF, c’est le rapport suivant : « nombre de citations des articles des années N-1 et N-2 » / « nombre d’articles des années N-1 et N-2 ». Une revue avec un IF à 1, ça signifie qu’en moyenne, ses articles des 2 dernières années ont été cités une fois. Je vous laisse imaginer toutes les possibilités de perversion de ce système, en matière d’auto-citations, de choix éditoriaux ou de choix de recherches que ça peut impliquer ; si vous manquez d’imagination, la page Wikipedia sur l’IF est assez complète.

Le score SIGAPS (Système d’Interrogation, de Gestion et d’Analyse des Publications Scientifiques) est un score Lillois (cocorico) qui a plusieurs buts :

  • gommer les injustices : si vous êtes en médecine générale, en informatique médicale, en médecine du sport ou des données assez généralistes, l’IF des revues de référence est assez faible ; à l’inverse, si vous êtes en génétique, en cancérologie, les articles ont tendance à être cités et recités, et vos revues de référence ont des IF plus élevé (c’est un peu caricatural évidemment).
  • synthétiser la recherche effectuée par un chercheur, par une unité de recherche ou un établissement…
  • guider la part « Publications » de la part modulable du financement MERRI (missions d’enseignement, de recherche, de référence et d’innovation) auxquelles sont éligibles les centres hospitaliers (pas les généralistes, merci pour eux)… C’est environ 60 % de la part modulable et 1/4 du financement MERRI.

Je sais, ça n’est pas très clair. Mais j’y viens. Quand vous publiez dans une discipline (« médecine générale », « psychiatrie », « pneumologie »…), vous publiez dans une revue qui peut être parmi les plus hauts IF de cette spécialité ou les plus bas (voire non indexé). Cet « IF dans la discipline » donne une lettre SIGAPS :

Dans chaque discipline, 10 % des revues ont un rang A, 15 % un rang B, 25 % un rang C, 25% un rang D, 25 % un rang E, le reste est NC (uniquement si indexé mais sans IF)

Pour gommer les injustices, dans chaque discipline, 10 % des revues ont un rang A, 15 % un rang B, 25 % un rang C, 25% un rang D, 25 % un rang E, le reste est NC (uniquement si indexé mais sans IF)

Ensuite, pour connaître le nombre de points SIGAPS apporté à un auteur par une publication, il faut faire le produit du (rang de la revue) x (place de l’auteur), selon les points suivants (on se croirait un peu à la belote, je sais) :

  • Rang A = 8 points ; Rang B = 6 points ; Rang C = 4 points ; Rang D = 3 points ; Rang E = 2 points ; Rang NC = 1 point
  • 1er auteur = 4 points ; 2ème auteur = 3 points ; 3ème auteur = 2 points ; avant-dernier auteur = 3 points ; dernier auteur = 4 points ; autres places = 1 point

Par exemple, si vous publiez dans le NEJM comme premier auteur, c’est la cagnotte : 32 points SIGAPS (8 x 4) pour vous ! Si vous publiez dans Exercer comme avant-dernier auteur, vous avez 3 points (rang NC = 1, multiplié par 3 points de la place avant-dernier). Ou si vous publiez comme premier auteur dans un rang E (4 x 2 = 8 points), c’est pareil que si vous publiez comme auteur « sans rang utile » (entre 4 et avant-avant-dernier) dans un rang A (1 x 8 = 8 points). Si vous voulez en savoir plus, cet article est très clair.

Le score a évidemment été détourné rapidement en 2015, avec l’introduction de nouveaux critères CNU pour le recrutement de MCU et PU dans certaines spécialités (radiologie, réanimation, néphrologie, etc.) sur des scores respectifs de 200 et 400 points SIGAPS. La médecine générale, à raison, n’a pas retenu le score SIGAPS dans ses critères comme montré plus haut, pour une raison simple… voici les scores SIGAPS A et B (38 premières revues sur les 155 classées comme « médecine générale ou interne » sur le Journal of Citation Reports) :

Aucune revue française

Le rang A s’arrête à la revue 16 (IF > 5). Aucune revue française sur les rangs A et B.

Enfin, comme dit plus haut, les points SIGAPS permettent de répartir l’enveloppe modulable « Publications » du MERRI (environ 500 millions d’euros par an). Entre 2004 et 2014, 192 886 articles ont été publiés (article du 30 novembre…). Selon le rythme de publications, le point SIGAPS peut varier un peu, mais globalement, 1 point = 500€. Donc 1er auteur dans une revue de rang E = 8 points = 4 000€ pour l’hôpital.

Une fois ces notions connues, nous verrons mardi prochain quelques réflexions et astuces sur « comment publier ».

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